A fost membru al trupei de latino-rock Malo, cu sediul în San Francisco, care a avut un hit de top 20 în U.S. Billboard Hot 100 cu „Suavecito” în 1972. A lansat două albume solo la Tomato Records, Jorge Santana și It’s All About Love, cu foști membri Malo. La mijlocul anilor 1970 a cântat cu trupa Fania All-Stars. Trupa Malo, care înseamnă „rău” în spaniolă, a cântat o combinație de fuziune relaxată de jazz, rock și o varietate de forme de muzică latină, asemănătoare cu sunetul lui Carlos Santana, fratele său. Albumul de debut al trupei, intitulat „Malo”, a fost lansat în 1972 și a inclus piesa „Suavecito”. Melodia, care avea un sunet suav și melodic, a ajuns pe locul 18 în topul Billboard al single-urilor și a devenit un cântec popular pentru fanii rockului latino. Malo au cântat împreună timp de patru ani și au produs patru albume până când s-au despărțit, iar Santana s-a angajat într-o carieră solo și a cântat cu trupa Fania All-Stars din New York.

Gheta sa distinctivă era o Fender Stratocaster verde, achiziționată în anii 1970.

După o lungă despărțire, Santana a pornit în turneu cu fratele său, Carlos. Albumul Sacred Fire: Live in South America a fost înregistrat în Mexico City în acest turneu, cu Jorge Santana, care a cântat la o chitară Paul Reed Smith portocalie personalizată.

În 1994 a înregistrat un album cu fratele său și nepotul lui Carlos Santana, Carlos Hernandez, intitulat Santana Brothers.

.