Cztery główne szlaki przetwarzania i prezentacji antygenów to egzogenny, endogenny, krzyżowej prezentacji i autofagiczny. Profesjonalne APC pochłaniają antygeny i wykazują ekspresję MHC klasy II oraz cząsteczek kostymulujących indukcyjnie lub konstytutywnie. Dojrzałe DC mogą aktywować naiwne, efektorowe i pamięciowe limfocyty Tc i Th, podczas gdy makrofagi i komórki B prezentują antygen tylko efektorowym i pamięciowym limfocytom T. Dojrzewanie DC jest wyzwalane poprzez zaangażowanie PRR przez DAMPs/PAMPs oraz cytokiny prozapalne. W szlaku egzogennym antygeny zewnątrzkomórkowe są internalizowane przez APCs i degradowane do peptydów w endosomach. Peptydy te są wiązane do MHC klasy II i transportowane na powierzchnię APC w celu rozpoznania przez limfocyty T CD4++ (zwykle Th). W szlaku endogennym antygeny wewnątrzkomórkowe, pochodzące z zakażonych lub przekształconych komórek gospodarza, są degradowane do peptydów przez proteasomy. Peptydy te są wiązane do MHC klasy I w ER i transportowane na powierzchnię komórki docelowej w celu rozpoznania przez limfocyty T CD8++ (zwykle CTL). Prezentacja krzyżowa to prezentowanie na MHC klasy I peptydów pochodzących z antygenów zewnątrzkomórkowych. Prezentacja autofagiczna to prezentacja na MHC klasy II peptydów pochodzących z antygenów wewnątrzkomórkowych. Nieklasyczne cząsteczki MHC klasy Ib prezentują peptydy podgrupom limfocytów T αβ i γδ. Białka MHC-podobne CD1 prezentują antygeny oparte na lipidach podgrupom komórek αβ T, γδ T i NKT.

.