De vier belangrijkste antigeenverwerkings- en -presentatieroutes zijn exogeen, endogeen, kruispresentatie en autofagisch. Professionele APC’s slokken antigenen op en brengen MHC klasse II en costimulatoire moleculen tot expressie, induceerbaar of constitutief. Volgroeide DC’s kunnen naïeve, effector en geheugen Tc en Th cellen activeren, terwijl macrofagen en B cellen alleen antigenen aan effector en geheugen T cellen presenteren. DC maturatie wordt in gang gezet door PRR activatie door DAMPs/PAMPs plus pro-inflammatoire cytokines. In de exogene route worden extracellulaire antigenen door APC’s geïnternaliseerd en in endosomen afgebroken tot peptiden. Deze peptiden worden gebonden aan MHC klasse II en getransporteerd naar het APC-oppervlak voor herkenning door CD4++ T-cellen (meestal Th). In de endogene route worden intracellulaire antigenen afkomstig van geïnfecteerde of getransformeerde gastheercellen door proteasomen afgebroken tot peptiden. Deze peptiden worden gebonden aan MHC klasse I in de ER en getransporteerd naar het doelceloppervlak voor herkenning door CD8++ T-cellen (gewoonlijk CTL). Kruispresentatie is de weergave op MHC klasse I van peptiden van extracellulaire antigenen. Autofagische presentatie is de weergave op MHC klasse II van peptiden van intracellulaire antigenen. Niet-klassieke MHC klasse Ib moleculen presenteren peptiden aan subsets van αβ en γδ T-cellen. MHC-achtige CD1-eiwitten presenteren lipide-gebaseerde antigenen aan αβ T-, γδ T- en NKT-celsubets.