Die vier Hauptwege der Antigenprozessierung und -präsentation sind die exogene, die endogene, die Kreuzpräsentation und die Autophagie. Professionelle APCs verschlingen Antigene und exprimieren MHC-Klasse II und kostimulatorische Moleküle entweder induzierbar oder konstitutiv. Reife DCs können naive, Effektor- und Gedächtnis-Tc- und Th-Zellen aktivieren, während Makrophagen und B-Zellen Antigen nur an Effektor- und Gedächtnis-T-Zellen präsentieren. Die DC-Reifung wird durch die Aktivierung der PRR durch DAMPs/PAMPs und proinflammatorische Zytokine ausgelöst. Auf dem exogenen Weg werden extrazelluläre Antigene von APCs internalisiert und in Endosomen zu Peptiden abgebaut. Diese Peptide werden an MHC-Klasse II gebunden und zur APC-Oberfläche transportiert, wo sie von CD4++ T-Zellen (normalerweise Th-Zellen) erkannt werden. Auf dem endogenen Weg werden intrazelluläre Antigene, die von infizierten oder transformierten Wirtszellen stammen, von Proteasomen zu Peptiden abgebaut. Diese Peptide werden im ER an MHC-Klasse I gebunden und zur Zielzelloberfläche transportiert, wo sie von CD8++ T-Zellen (in der Regel CTL) erkannt werden. Bei der Kreuzpräsentation werden Peptide von extrazellulären Antigenen an MHC Klasse I gebunden. Bei der autophagischen Präsentation werden Peptide von intrazellulären Antigenen auf dem MHC Klasse II dargestellt. Nichtklassische MHC-Klasse-Ib-Moleküle präsentieren Peptide für Untergruppen von αβ- und γδ-T-Zellen. MHC-ähnliche CD1-Proteine präsentieren lipidbasierte Antigene für αβ-T-, γδ-T- und NKT-Zelluntergruppen.