抗原処理と提示の4大経路は、外因性、内因性、交差提示、オートファジーである。 プロフェッショナルAPCは抗原を飲み込み、MHCクラスIIとコスティミュレイター分子を誘導的あるいは構成的に発現する。 成熟したDCは、ナイーブ、エフェクター、メモリーTcおよびTh細胞を活性化することができるが、マクロファージとB細胞はエフェクターおよびメモリーT細胞のみに抗原を提示する。 DCの成熟は、DAMPs/PAMPsと炎症性サイトカインによるPRRの関与によって引き起こされる。 外来性の経路では、細胞外抗原はAPCによって内在化され、エンドソーム内でペプチドに分解される。 これらのペプチドはMHCクラスIIに結合し、APC表面に運ばれ、CD4+ T細胞（通常Th）によって認識される。 内因性経路では、感染または形質転換した宿主細胞に由来する細胞内抗原は、プロテアソームによってペプチドに分解される。 これらのペプチドは小胞体でMHCクラスIと結合し、標的細胞表面に運ばれてCD8+T細胞（通常はCTL）に認識される。 クロスプレゼンテーションは、細胞外抗原のペプチドがMHCクラスIに提示されることである。 オートファジー提示は、細胞内抗原からのペプチドがMHCクラスIIに提示されることである。 非典型的なMHCクラスIb分子は、αβおよびγδT細胞のサブセットにペプチドを提示する。 MHC様CD1タンパク質は、αβT、γδT、NKT細胞サブセットに脂質をベースにした抗原を提示する

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