Era un membro della band Latin-rock Malo, con sede a San Francisco, che ha avuto una top twenty hit nella US Billboard Hot 100 con “Suavecito” nel 1972. Ha pubblicato due album da solista su Tomato Records, Jorge Santana e It’s All About Love, con ex membri dei Malo. A metà degli anni 70 suonò con i Fania All-Stars. La band, Malo, che significa “cattivo” in spagnolo, suonava una combinazione di fusione rilassata di jazz, rock e una varietà di forme di musica latina, simile al suono di Carlos Santana, suo fratello. L’album di debutto della band, chiamato “Malo” fu pubblicato nel 1972 e includeva la canzone “Suavecito”. La canzone, che aveva un suono liscio e melodico, arrivò al n. 18 della classifica dei singoli di Billboard, e divenne una canzone popolare per i fan del rock latino. I Malo suonarono insieme per quattro anni e produssero quattro album finché non si sciolsero e Santana intraprese una carriera da solista e suonò con la band newyorkese dei Fania All-Stars.

La sua chitarra distintiva era una Fender Stratocaster verde, acquistata negli anni ’70.

Dopo una lunga separazione, Santana andò in tour con suo fratello, Carlos. L’album Sacred Fire: Live in South America è stato registrato a Città del Messico durante questo tour, con Jorge Santana, che suonava una chitarra Paul Reed Smith arancione personalizzata.

Nel 1994 ha registrato un album con suo fratello e il nipote di Carlos Santana, Carlos Hernandez, chiamato Santana Brothers.