Las cuatro vías principales de procesamiento y presentación de antígenos son la exógena, la endógena, la de presentación cruzada y la autofágica. Las CCA profesionales engullen antígenos y expresan moléculas costimuladoras y del CMH de clase II de forma inducida o constitutiva. Las DC maduras pueden activar células T y Th naïve, efectoras y de memoria, mientras que los macrófagos y las células B presentan el antígeno sólo a las células T efectoras y de memoria. La maduración de las DC se desencadena por el compromiso de los PRR con los DAMPs/PAMPs y las citoquinas proinflamatorias. En la vía exógena, los antígenos extracelulares son internalizados por las APC y degradados en péptidos dentro de los endosomas. Estos péptidos se unen al MHC de clase II y son transportados a la superficie de la APC para ser reconocidos por las células T CD4++ (normalmente Th). En la vía endógena, los antígenos intracelulares derivados de células huésped infectadas o transformadas son degradados en péptidos por los proteasomas. Estos péptidos se unen al MHC de clase I en el RE y se transportan a la superficie de la célula diana para ser reconocidos por las células T CD8++ (normalmente CTL). La presentación cruzada es la visualización en el MHC de clase I de péptidos procedentes de antígenos extracelulares. La presentación autofágica es la presentación en el CMH de clase II de péptidos procedentes de antígenos intracelulares. Las moléculas MHC de clase Ib no clásicas presentan péptidos a subconjuntos de células T αβ y γδ. Las proteínas CD1 similares al CMH presentan antígenos basados en lípidos a subconjuntos de células αβ T, γδ T y NKT.