De fire vigtigste antigenbehandlings- og præsentationsveje er eksogen, endogen, krydspræsentation og autofagisk. Professionelle APC’er engulerer antigener og udtrykker MHC klasse II og kostimulerende molekyler enten induktivt eller konstitutivt. Modne DC’er kan aktivere naive, effektor- og hukommelses-Tc- og Th-celler, mens makrofager og B-celler kun kan præsentere antigen til effektor- og hukommelses-T-celler. DC-maturering udløses af PRR-engagement ved hjælp af DAMPs/PAMPs plus proinflammatoriske cytokiner. I den eksogene vej internaliseres ekstracellulære antigener af APC’er og nedbrydes til peptider i endosomer. Disse peptider bindes til MHC klasse II og transporteres til APC-overfladen med henblik på genkendelse af CD4++ T-celler (normalt Th). I den endogene vej nedbrydes intracellulære antigener, der stammer fra inficerede eller transformerede værtsceller, til peptider af proteasomer. Disse peptider bindes til MHC klasse I i ER og transporteres til målcellens overflade med henblik på genkendelse af CD8++ T-celler (normalt CTL). Cross-præsentation er visning på MHC klasse I af peptider fra ekstracellulære antigener. Autofagisk præsentation er visning på MHC-klasse II af peptider fra intracellulære antigener. Ikke-klassiske MHC-klasse Ib-molekyler præsenterer peptider for undergrupper af αβ- og γδ-T-celler. MHC-lignende CD1-proteiner præsenterer lipidbaserede antigener for αβ T-, γδ T- og NKT-celleundergrupper.