Toto ultrazvukové vyšetření se v této fázi nabízí, protože dítě již dostatečně vyrostlo a je snazší s dobrou přesností posoudit jeho vnitřní orgány. Provádí se systematické vyšetření všech struktur embrya, pokud jde o jeho morfologii a rozměry. To zahrnuje vyšetření mozku a lebky, obličeje, hrudníku a plic, srdce a jeho cév, břišní stěny a vnitřností, morfologie močových a pohlavních cest u chlapců a dívek, horních a dolních končetin a páteře. Také je zde možnost prohlédnout si plod na přítomnost sonografických markerů (měkkých markerů). Jejich přítomnost mění pravděpodobnost chromozomálních abnormalit. Takovými markery jsou krátká stehenní nebo pažní kost, echogenní ložiska v srdci, mírná hydronefróza, cévnaté pleteně v mozku plodu, echogenní střevo, krátká nosní kost nebo zvětšená záhyby na zádech. Většina embryí, která vykazují jeden nebo více sonografických markerů, jsou však obvykle zdravé plody. Protože jsou však tyto markery často přítomny u plodů s chromozomálními abnormalitami, jejich přítomnost mění riziko, které bylo dáno při vyšetření nuchální translucence v prvním trimestru.

Při tomto vyšetření se také kontroluje poloha placenty, množství plodové vody. Měří se délka děložního hrdla, krátké děložní hrdlo může naznačovat, zda je matka ohrožena předčasným porodem. V této fázi provádíme také dopplerovské vyšetření děložních tepen, které nám může ukázat, zda je u tohoto těhotenství zvýšené riziko vzniku preeklampsie nebo nitroděložního omezení růstu. Tímto ultrazvukovým vyšetřením se odhalí mnoho vrozených vad, ale ne všechny. Měli bychom zdůraznit, že pokud nejsou tímto ultrazvukovým vyšetřením zjištěny žádné abnormality, riziko, že dítě bude mít anatomický problém, se výrazně snižuje, ale není vyloučeno.