Z hlediska nemocí lze středověk považovat za období začínající morem v roce 542 a končící černou smrtí (dýmějovým morem) v roce 1348. K nemocem epidemického rozsahu patřily malomocenství, dýmějový mor, neštovice, tuberkulóza, svrab, erysipel, sněť slezinná, trachom, potní nemoc a taneční mánie (viz infekce). Izolace osob s nakažlivými nemocemi vznikla nejprve v reakci na šíření lepry. Tato nemoc se stala vážným problémem ve středověku a zejména ve 13. a 14. století.

Černá smrt, epidemie moru, dorazila do středomořských přístavů jižní Evropy v roce 1347 a během tří let zachvátila celou Evropu. Hlavní metodou boje proti moru byla izolace známých nebo podezřelých případů i osob, které s nimi byly v kontaktu. Doba izolace byla nejprve asi 14 dní a postupně se prodloužila na 40 dní. V důsledku černé smrti vytvořili veřejní činitelé systém hygienické kontroly pro boj s nakažlivými nemocemi, který využíval pozorovací stanice, izolační nemocnice a dezinfekční postupy. Mezi hlavní snahy o zlepšení hygieny patřil rozvoj zásobování čistou vodou, likvidace odpadků a splašků a kontrola potravin. Tyto snahy byly důležité zejména ve městech, kde lidé žili ve stísněných podmínkách venkovským způsobem s mnoha zvířaty v okolí svých obydlí.

V průběhu středověku byla učiněna řada prvních kroků v oblasti veřejného zdraví: pokusy vypořádat se s nehygienickými podmínkami ve městech a pomocí karantény omezit šíření nemocí; zakládání špitálů a poskytování lékařské péče a sociální pomoci.

.