Martin Waldseemüller se narodil v Radolfzellu u Bodensee a v roce 1490 byl imatrikulován na univerzitě ve Freiburgu. Mnohé z Waldseemüllerova raného života je nejasné. Poprvé se objevuje jako člen skupiny humanistických učenců a geografů, která vzkvétala na dvoře lotrinského vévody Reného II. a ovlivnila pozdější zájem Němců o geografii v 16. století. Zprávy o objevech v Novém světě se rychle rozšířily do zaalpské Evropy a Alsasko a Lotrinsko se brzy staly významnými centry zájmu a studia objevů a jejich důsledků.

Když se ke dvoru dostaly opisy dopisů Ameriga Vespucciho, vyvolaly ještě větší zájem o Nový svět a v roce 1507 vydal Waldseemüller svazek nazvaný Cosmographiae introductio, který obsahoval popis Nového světa i překlad Vespucciho dopisů. Při hledání jména pro nové země Waldseemüller (který tehdy ještě neslyšel o Kryštofu Kolumbovi) navrhl, aby se nazývaly Amerika podle Vespucciho. Ačkoli Waldseemüller později navrhl revizi, když se dozvěděl o Kolumbově roli při objevování, jeho původní návrh se stal příliš populárním. Amerika zůstala běžným označením nových kontinentů a Waldseemüllerovi zůstala přezdívka „kmotr Ameriky“.

V roce 1507 vydal Waldseemüller další dílo, které mělo mít obrovský vliv na pozdější kartografii, svou velkou mapu světa. Tato dřevorytová mapa, vyrytá do 12 bloků, se stala jedním z prvních příkladů humanistického zájmu o kartografii Nového světa. Ve stejném roce Waldseemüller zkonstruoval také glóbus. Po dalších 30 let se jednalo o standardní příklady svého druhu. V roce 1511 Waldseemüller vytvořil velkoplošnou mapu Evropy a v roce 1513 zhotovil nové mapy pro velké štrasburské vydání Ptolemaiových děl.

J. H. Parry charakterizoval Waldseemüllerovo dílo takto: „Byl důležitou přechodnou postavou v dějinách kartografie. Nebyl originálním vědcem, ale encyklopedickým a inteligentním vykladačem. Jeho mapy, glóbus a Cosmographiae introductio tvoří působivý soubor staré a nové geografie, který do jisté míry předjímal neméně populární a ještě plodnější Mercatorovo dílo“. Waldseemüller byl také příkladem intelektuálního typu, jehož dílo v 16. a 17. století přispěje k popularizaci značného množství poznatků o světě a člověku, které bylo třeba šířit, vstřebávat a působit na stále širší veřejnost.