Podle některých archeologů má Guatemala nejstarší zaznamenanou lidskou historii ve Střední Americe, přičemž některé důkazy o lidské existenci sahají až do doby 18 000 let před naším letopočtem. Zda lidé v Guatemale před tak dlouhou dobou skutečně žili, je sporné. Obecně se uznává, že lidé prošli touto oblastí přibližně před 12 000 lety při migraci na jih do Jižní Ameriky.

Jisté je, že přibližně 3 500 let př. n. l. se do Guatemaly dostalo zemědělství a z lovců/kočovníků se stali zemědělci. Se zemědělstvím přišly i vesnice a města. Postupně domorodí obyvatelé v oblasti známé jako Guatemala a také na Yucatánu v Mexiku a v Belize vytvářeli města.

Olmécká civilizace přišla z Mexika a v Guatemale se nacházela přibližně od roku 1 500 př. n. l.. Kr. a nakonec v oblasti převzala vládu mayská kultura. Předklasické období trvalo přibližně od roku 2 000 př. n. l. do roku 250 př. n. l. a v této době byla založena města La Mirador a Tikal.

Od roku 250 do roku 900 n. l. se Mayové nacházeli v klasickém období a celá Guatemala byla pod jejich vlivem. Region se skládal z mnoha městských států, které mezi sebou uzavíraly složitá spojenectví. V této době se stavěly mohutné chrámy a počet obyvatel měst často přesahoval 100 000.

Přibližně v roce 900 n. l. se mayská říše zhroutila. Nikdo si není jistý, co přesně se stalo, ale města byla opuštěna, protože mayská společnost opustila Guatemalu a zamířila na sever do Mexika. Ti, kteří zůstali, se vrátili na venkov a živili se jako zemědělci.

První kontakt potomků mayské říše s Evropany nastal v roce 1511, kdy u pobřeží Yucatánu ztroskotala španělská loď. Do roku 1519 začalo několik průzkumných výprav sondovat na území dnešní Guatemaly.

V roce 1523 byl Pedro de Alvarado, člen skupiny Hernána Cortése, která dobyla Mexiko, vyslán dobýt území pod Mexikem, které je dnes známé jako Guatemala. V žádném případě to nebylo snadné dobytí. Většina mayského obyvatelstva žila na vysočině (a žije tam dodnes) a nebyla to pro ně žádná hračka. Trvalo více než deset let, než Španělé v drtivé partyzánské válce zvítězili.

V roce 1540 měla španělská koruna nad oblastí oficiální vládu a Guatemala byla členem Nového Španělska, skupiny suverénních území spravovaných z Mexico City. Generální kapitanát Guatemaly, který působil z Antiguy, se však těšil značné svobodě, pokud jde o způsob řízení místních záležitostí.

Toto uspořádání fungovalo dostatečně dobře až do konce koloniálního období, kdy Guatemala začala neklidně toužit po úplné svobodě. Země vyhlásila nezávislost na Španělsku 15. září 1821, pouhé tři týdny poté, co svobodu získalo sousední Mexiko.

Guatemalští kolonisté si všimli nově nabyté stability Mexika pod vedením vládce Agustína de Iturbideho a souhlasili s připojením svého regionu k Mexiku. Iturbide však v roce 1823 padl od moci, což dalo Guatemale impuls k vyhlášení úplné nezávislosti.

Nově nezávislá země se rozhodla připojit k takzvané Středoamerické federaci, která zahrnovala země Nikaragua, Kostarika, Salvador a Honduras.

Svaz se potýkal s neustálými politickými nepokoji prakticky ode dne svého založení. Každý z pěti regionů chtěl něco jiného a do roku 1838 se federace zcela rozpadla. Každý region si začal vládnout sám jako nezávislý národ.

Guatemalu od té doby sužovalo neustálé napětí mezi liberálními a konzervativními frakcemi v zemi. Krátce po získání nezávislosti se k moci dostal Rafael Carrera, první konzervativní diktátor. Carrera vrátil k moci vládní a sociální praktiky připomínající koloniální období, například zvýhodňování církve a pozemkových vrstev.

Po jakési politické přestávce, která nastala po Carrerově smrti v roce 1865, se k moci dostal nový diktátor Justo Rufino Barrios. Barrios byl ve srovnání s Carrerou přesvědčený liberál a okamžitě zlikvidoval zastaralou společenskou strukturu, kterou Carrera obnovil. Barrios také oddělil církev od státu, sekularizoval školství a otevřel národní hospodářství zahraničním investicím, čímž si vysloužil titul „reformátor“. V této éře se skutečně začaly formovat moderní politické a sociální struktury Guatemaly.

Dalším významným diktátorem v politických dějinách Guatemaly je Jorge Ubico, generál, který se dostal k moci v roce 1931. Ubico se nechal inspirovat ostatními diktátory po celém světě a vedl systém, který by se dal považovat za „policejní stát“, omezující svobodu tisku a slova. Ubico takto vládl až do roku 1944, kdy ho protestující donutili odstoupit a uprchnout ze země v rámci nejvýznamnější guatemalské revoluce.

Povstání, ke kterému došlo po Ubicově odchodu, vyústilo v první skutečně demokratické prezidentské volby v zemi a vytvoření demokratické ústavy. Novým prezidentem se stal Juan José Arévalo, univerzitní učitel, který získal 85 % hlasů. Arévalo zavádí několik velmi potřebných reforem ve školství a zdravotnictví.

V roce 1951 se k moci dostává Arévalův nástupce Jacobo Arbenz. Pokračoval v Arévalově stylu zavádění liberálních reforem, včetně tvrdé politiky pozemkové reformy. Arbenz požadoval, aby veškerá nevyužívaná půda v zemi byla přerozdělena rolníkům.

Velká část této nevyužívané půdy patřila americké společnosti United Fruit Company, která obchodovala a prodávala tropické ovoce pěstované v několika středoamerických zemích. Guatemalská vláda sice slíbila, že korporaci poskytne (malé) odškodnění, ale United Fruit Company byla shodou okolností největším guatemalským zaměstnavatelem a její náhlé vyvlastnění rozzlobilo hlavouny ve Washingtonu.

Amerika se proto rozhodla zasáhnout. Zařídila, aby CIA tajně vycvičila armádu guatemalských exulantů v Hondurasu. Pod vedením Carlose Castilla Armase vtrhla tato malá armáda v roce 1954 přes Honduras do Guatemaly. Guatemalská armáda se příliš nebránila a Arbenz uprchl do Mexika, zatímco Armas se dostal k moci.

Armas zavedl v zemi, kde dlouho vládla řada liberálů, konzervativní režim, čímž zvrátil téměř všechny reformy zavedené od roku 1944. Přestože byl Armas o tři roky později zavražděn, Guatemala se vrátila zpět k zemi plné násilí a nepokojů.

V průběhu 60. a 70. let 20. století se v Guatemale vystřídala řada brutálních vojenských režimů. Levicoví odpůrci bojovali proti každému režimu společně s dlouhodobě utlačovaným domorodým obyvatelstvem, což nakonec vyústilo v nejdelší guerillovou válku v Latinské Americe.

V roce 1982 se čtyři největší guerillové skupiny spojily a vytvořily URNG neboli Guatemalskou národní revoluční jednotku. Brutální občanská válka však pokračovala, což způsobilo, že Spojené státy americké přerušily veškerou vojenskou pomoc zemi.

Tato akce vedla k tomu, že se do země vrátil jakýsi zdánlivý mír a byl zvolen civilní prezident Vinicio Cerezo. Občané doufali, že Cerezo bude tím, kdo konečně ukončí boje, nicméně jeho funkční období skončilo s tím, že v některých částech země stále propuká násilí.

Skutečný mír v Guatemale nastal až s nástupem Álvara Arzúa k moci v roce 1996. Arzú vyjednával se čtyřmi guerillovými skupinami, které tvořily URNG, až byla podepsána mírová smlouva. Dohoda, která je známá jako Mírové dohody, uznává všechna zvěrstva v oblasti lidských práv, kterých se vojenské režimy dopustily během 36 let občanské války, a také obsahuje ustanovení o řešení základních sociálních služeb, které v zemi chyběly.

Mnoho z těchto ustanovení zůstalo dodnes nesplněno a Guatemala se stále snaží udržet mír, kterému se víceméně těší od konce občanské války. Guatemala zůstává neuvěřitelně chudou zemí, jejíž ekonomika je závislá především na zemědělství. Guatemala se však pomalu, ale jistě vyvíjí v moderní společnost, zlepšuje se míra gramotnosti a také snahy o zvýšení turistického ruchu v zemi.