Koncem července 1898 dorazilo 13 000 amerických dobrovolníků a 2 000 pravidelných vojáků, aby v rámci španělsko-americké války převzali od Španělů kontrolu nad Filipínami. Společně s filipínskou revoluční armádou, čítající asi 13 000 vojáků, se v Manile utkali s 13 000 Španěly. Američané a Filipínci měli společný cíl porazit Španělsko, ale poté Filipínci chtěli nezávislost, zatímco USA chtěly Filipíny jako své území. Byl to rozdíl, který nutně musel vést ke konfliktu.

Španělský guvernér v Manile si uvědomoval, že jeho situace je beznadějná, ale chtěl klást alespoň symbolický odpor kvůli cti a aby se doma vyhnul válečnému soudu. Obával se také, že by filipínští povstalci mohli zmasakrovat jeho vojáky. Američané se také chtěli vyhnout masakru a odepřít povstalcům politickou legitimitu, kterou by získali dobytím města. Proto uzavřeli tajnou dohodu: Španělé budou klást minimální odpor, pokud Američané slíbí, že Filipínce nepustí. Po krátké bitvě, v níž bylo zabito 17 amerických vojáků a 105 jich bylo zraněno, obsadili 13. srpna američtí vojáci Manilu a uzavřeli Filipínce.

Podle podmínek Pařížské smlouvy se Filipíny staly územím Spojených států, nikoliv nezávislým státem. Americký senát musel smlouvu ještě ratifikovat, ale Filipínci nečekali, co se stane. Založili republiku s hlavním městem Malolos a připravili se na odpor proti jakémukoli pokusu USA prosadit smlouvu. Zatímco vojáci na obou stranách napjatě vyčkávali, vztahy mezi spojenci se zhoršovaly a docházelo k potyčkám. Bylo jen otázkou času, kdy dojde k plnému násilí.

V noci 4. února 1899 si filipínské a americké hlídky vyměnily výstřely poblíž sporné vesnice. Střelba se rychle rozšířila a za úsvitu Američané zahájili útok. Dodnes nikdo neví, kdo vystřelil jako první, ale válka začala.

Ve Washingtonu Senát 6. února těsně ratifikoval Pařížskou smlouvu. Poté, co Spojené státy formálně koupily Filipíny od Španělska, prohlásily své nové vlastnictví za povstalecké.

Filipínská nacionalistická osvobozenecká armáda měla 40 000 vojáků plus místní milice, ale chyběl jí výcvik, disciplína a vybavení. Trpěla také nekompetentním a nezkušeným vedením. Americké jednotky čítaly méně než 20 000 mužů, z nichž většinu tvořili státní dobrovolníci, kteří očekávali, že se nyní, po skončení války se Španělskem, vrátí domů. Přesto dobrovolníci bojovali dobře a koncem února vyhnali filipínskou armádu z Manily a potlačili povstání v samotném městě. Do konce března dobyli Malolos a způsobili filipínským silám řadu prudkých porážek.

Tažení se během léta 1899 zpomalilo. Malé americké síly se snažily operovat daleko od své základny v Manile. Nemoci a únava snížily stavy některých pluků o 60 procent. Když nastalo monzunové období, dostala se armáda pod politický tlak, aby poslala státní dobrovolníky domů.

Kongres reagoval schválením jednotky dobrovolníků pro službu na Filipínách. Na rozdíl od státních dobrovolníků z roku 1898 byly tyto jednotky organizovány federální vládou. Do září 1899 začaly přijíždět nové pluky amerických dobrovolníků spolu s dalšími jednotkami pravidelných vojáků. Po odchodu státních dobrovolníků zůstaly USA efektivní síly čítající necelých 27 000 mužů. Dobrovolníci přitlačili na pilu, zničili velkou část nacionalistické armády a zbytek rozprášili. Nacionalisté odpověděli přechodem na partyzánskou válku.

Změna taktiky fungovala v jejich prospěch. Terén tvořený labyrintem rýžových políček, hor a džungle, který byl protkán pouze drsnými stezkami a několika primitivními cestami, poskytoval filipínským partyzánům četné výhody oproti Američanům, kteří se potýkali s neznámou geografií a drsným klimatem.

Nacionalisté se reorganizovali do regionálních velitelství doplněných „stínovou“ vládou, aby vedli válku plnou přepadů, nájezdů a překvapivých útoků, jejichž cílem bylo udržet Američany mimo rovnováhu. Partyzáni se maskovali jako nebojovníci, mísili se s civilisty a používali kombinaci charity a teroru, aby si zajistili podporu místního obyvatelstva. Nacionalisté se snažili oslabit americkou vůli k boji a dosáhnout spíše politického než vojenského vítězství.

USA také rozdělily své jednotky a svěřily regionálním velitelstvím odpovědnost za pacifikaci určité oblasti. Vojáci obsadili stovky malých stanovišť ve městech nebo v jejich blízkosti, která sloužila ke třem účelům: chránit obyvatelstvo před zastrašováním partyzány, narušovat schopnost obyvatelstva dodávat partyzánům potraviny a rekruty a poskytovat základny pro hlídky malých jednotek a výpady do buše při pátrání po nepříteli. Rozdělení jednotek způsobovalo problémy se zásobováním, morálkou, velením a řízením. Nemoci a únava hrozily podlomit efektivitu mnoha malých posádek. Nicméně tato strategie držela partyzány na útěku a vyčerpávala jejich bojeschopnost.

Prezident McKinley nařídil vojákům, aby si „získali důvěru, úctu a obdiv obyvatel Filipín“, takže americké jednotky se také snažily obnovit občanskou společnost výstavbou škol a silnic, obnovou trhů, zlepšením zdravotnictví a hygieny a nabídkou amnestie partyzánům. Obnovily vládní služby a postupně předaly politickou kontrolu Filipíncům. Navzdory tomuto pokroku trvaly boje ještě celý rok. Nový velitel, generál Arthur MacArthur, povolil k potrestání partyzánů ve větší míře používat věznění, deportace, popravy a konfiskace a/nebo ničení majetku.

Tato přísnější opatření spolu s trvalým příslibem spravedlivého zacházení a reprezentativní vlády nakonec zlomila hnutí odporu vaz. Poslední významní revoluční velitelé se vzdali na jaře 1902 a 4. července Spojené státy oficiálně prohlásily povstání za ukončené.

Ve své oficiální zprávě ministr války Elihu Root dospěl k závěru, že „je zřejmé, že povstání bylo ukončeno jednak tím, že se válka stala strastiplnou a beznadějnou, jednak tím, že se mír stal přitažlivým.“

Koneckonců v letech 1899 až 1902 sloužilo na Filipínách více než 126 000 vojáků pravidelné a dobrovolnické služby. Z nich 1 000 padlo v boji nebo na následky zranění utrpěných v bitvě, dalších 3 000 zemřelo na nemoci a z jiných příčin a téměř další 3 000 bylo zraněno.

.