Většina aplikací denatonia se řídí hořkostí sloučeniny. Denatonium benzoát se používá k denaturaci ethanolu, aby nebyl považován za alkoholický nápoj s ohledem na zdanění a omezení prodeje. Jedno konkrétní označení, SD-40B, označuje, že ethanol byl denaturován pomocí denatonium-benzoátu.

Denatonium je běžně součástí placebo léků používaných v klinických studiích, aby napodobilo hořkou chuť některých léků.

Denatonium také odrazuje od konzumace škodlivých alkoholů, jako je methanol, a přísad, jako je ethylenglykol. Denatonium se používá v třecím alkoholu jako neaktivní složka. Přidává se také do mnoha druhů škodlivých tekutin včetně rozpouštědel (např. odlakovače na nehty), barev, laků, toaletních potřeb a dalších prostředků osobní péče, speciálních laků na nehty pro prevenci kousání nehtů a různých dalších výrobků pro domácnost. Přidává se také do méně nebezpečných aerosolových výrobků (např. plynových prachovek), aby se zabránilo zneužívání těkavých výparů k inhalaci.

V roce 1995 požadoval americký stát Oregon, aby se denatonium-benzoát přidával do výrobků obsahujících sladce chutnající ethylenglykol a methanol, jako jsou nemrznoucí směsi a kapalina do ostřikovačů, aby se zabránilo otravám dětí a zvířat. V prosinci 2012 američtí výrobci dobrovolně souhlasili s přidáváním denatonium-benzoátu do nemrznoucích směsí prodávaných po celé zemi.

Zvířata mají různou citlivost na účinky denatonia. Používá se v některých repelentech pro zvířata (zejména pro takové velké savce, jako jsou jeleni). Používá se k ochraně jedů na krysy před konzumací lidmi, protože lidé jsou schopni detekovat denatonium v mnohem nižších koncentracích než hlodavci.

Denatonium má odpudivou chuť, která může být použita jako odrazující prostředek u výrobků, které nejsou určeny ke konzumaci a/nebo jsou při konzumaci škodlivé. Známé jsou herní karty Nintendo Switch potažené denatonium benzoátem, aby se zabránilo jejich konzumaci malými dětmi.