Domény jsou odlišné funkční a/nebo strukturní jednotky v proteinu. Obvykle jsou zodpovědné za určitou funkci nebo interakci a přispívají k celkové úloze proteinu. Domény mohou existovat v různých biologických kontextech, kdy se podobné domény mohou vyskytovat v proteinech s různými funkcemi.

Například domény Src homology 3 (SH3) jsou malé domény o přibližně 50 aminokyselinových zbytcích, které se podílejí na interakcích protein-protein. Domény SH3 mají charakteristickou 3D strukturu (obrázek 4). Vyskytují se v rozmanité řadě proteinů s různými funkcemi, včetně adaptorových proteinů, fosfatidylinositol-3-kináz, fosfolipáz a myozinů.

Příkladem proteinu, který obsahuje více domén SH3, je cytoplazmatický protein Nck. Nck patří do rodiny adaptorových proteinů a podílí se na přenosu signálů z tyrozinkináz receptorů růstových faktorů k následným příjemcům signálu. Doménové složení Nck je znázorněno na obrázku 5.

Jak jsme právě viděli u Nck, proteiny mohou být složeny z více domén. Jednotlivé domény mají často specifické funkce, jako je vazba určité molekuly nebo katalýza určité reakce, a společně přispívají k celkové úloze proteinu (viz například doménové složení enzymu fosfolipázy D1 na obrázku 6 níže).

Bílkovina obsahuje doménu PX (phox), která se podílí na vazbě fosfatidylinositolu, doménu PH (pleckstrin homology), která má za úkol zacílit enzym na určitá místa v buňce, a dvě domény PLD (fosfolipáza D) zodpovědné za katalytickou aktivitu bílkoviny.