Město Houston stabilizovalo vnější část budovy a členové Houston Aviation Alliance pracovali na záchraně terminálu. V roce 1998 vznikla nezisková organizace Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), jejímž hlavním cílem byla záchrana ohrožené budovy terminálu. HAHS si uvědomila, že financování a renovace musí probíhat po etapách, a vytvořila plán postupné obnovy budovy. Koncem roku 2003 dokončili dodavatelé HAHS odstraňování azbestu a olova v severním křídle terminálu. Při sanaci byla z vnitřních stěn odstraněna původní omítka, přičemž nenosné kachlové závěsy terminálu zůstaly neporušené.

Severní křídlo leteckého terminálu bylo otevřeno pro veřejnost v únoru 2004 jako první fáze muzea. V restaurovaném severním křídle terminálu byly umístěny muzejní sbírky a obchod se suvenýry a sloužilo jako provozní základna muzea během dokončování shromažďování finančních prostředků a restaurování zbývající části budovy.

Ve zbytku budovy byla v květnu 2008 dokončena asanace azbestu a v únoru 2009 byla dokončena rekonstrukce atria a mezipatra. Celé spodní patro bude uvedeno do původního stavu, jakmile to dovolí finanční prostředky. Muzeum se rozšíří a obsadí celé první patro budovy terminálu a poté zahájí renovaci horních pater.

Americký institut letectví &astronautiky (AIAA) označil Muzeum leteckého terminálu z roku 1940 za historické letecké místo. Letecký terminál z roku 1940 je 35. leteckou památkou uznanou AIAA jako vzácný příklad klasické letištní architektury ve stylu art deco. V únoru 2010 byla Houston Aeronautical Heritage Society udělena cena Good Brick Award za vynikající výsledky v oblasti památkové péče pro Muzeum leteckého terminálu 1940. Ocenění Good Brick Awards uděluje každoročně organizace Greater Houston Preservation Alliance. V roce 2008 vyhlásil houstonský tisk terminál „nejlepším kouskem letecké historie“.

V roce 2008 získala HAHS licenci na nejstarší hangár v areálu letiště Hobby, hangár Great Silver Fleet Maintenance Hangar z roku 1929. Tento hangár bude organizace využívat k vystavení větších exponátů ze sbírky, například dvou simulátorů, a sbírky letadel HAHS, která zahrnuje výkonný businessliner Lockheed Lodestar z roku 1943 a vrtulník S-58 Sikorsky, který byl vybaven pro civilní těžkou dopravu.