Im Jahr 1964 ging W39AA, ein Übersetzer von WBGU-TV in Bowling Green, Ohio, auf Kanal 39 auf Sendung. Vor 1974 war Fort Wayne das einzige Gebiet in Indiana, in dem es keinen Zugang zu PBS-Programmen gab, auch nicht über Kabel (es war üblich, dass PBS Programme für kommerzielle Sender in Märkten ohne PBS-Mitgliedsstationen anbot, aber es sind bisher keine Beweise für die Ausstrahlung von Programmen des Senders in Fort Wayne aufgetaucht); die Reichweite von W39AA beschränkte sich im Allgemeinen auf das unmittelbare Gebiet von Fort Wayne, da die Sendeleistung nicht ausreichte, um den gesamten Markt abzudecken. Diese Repeaterstation mit geringer Leistung war lediglich ein Platzhalter, da Kanal 39 in Fort Wayne als Bildungskanal mit voller Leistung zugewiesen wurde. Anfang der 1980er Jahre wurde der Sender zum Übersetzer des PBS-Senders WFYI aus Indianapolis.

Am 12. März 1985 erhielt eine örtliche Gruppe für öffentliches Fernsehen von der FCC den Kanal 39 und lizenzierte den Sender unter dem Rufzeichen WFWA; WFWA ging am 5. Dezember 1986 auf Sendung und brachte Nordost-Indiana zum ersten Mal einen eigenen PBS-Sender.

Im Jahr 2003 wurde WFWA der erste Fernsehsender auf dem Markt von Fort Wayne, der ein digitales Signal ausstrahlte. Ursprünglich wurde das nationale PBS-HDTV-Programm auf einem separaten Unterkanal neben dem regulären Programm ausgestrahlt; Finanzierungsprobleme führten später dazu, dass das nationale HD-Zuspiel zurückgezogen wurde und das gesamte Programm mehrere Jahre lang in Standardauflösung ausgestrahlt wurde. Es wurde angekündigt, dass der WFWA-Hauptkanal 39.1 irgendwann im Sommer 2010 ganztägig in High-Definition ausgestrahlt werden würde. Während einer Werbepause im Sommer 2010 kündigte Geschäftsführer Bruce Haines an, dass die Umstellung am 4. Juli 2010 um 19:30 Uhr erfolgen würde. Aufgrund von Fortschritten bei der Videokomprimierung war der Sender in der Lage, seinen Hauptkanal auf HD umzustellen, ohne die Videoqualität der anderen drei SD-Unterkanäle zu beeinträchtigen.

Im Mai 2013 kündigte der Sender eine Spendenaktion an, um seine Infrastruktur in den nächsten drei Jahren aufzurüsten, einschließlich einer Signalverstärkung, des Kaufs von Fernproduktionsausrüstung und Verbesserungen an der Master Control des Senders.