Klassificeringen av de semitiska språken är fortfarande föremål för debatt. Vid bedömningen av ett språks släktskap med ett annat språk tillmäts den information som tillhandahålls av en gemensam innovation större vikt än den information som härrör från en gemensam arkaism. Att avgöra om ett särdrag är en innovation eller en arkaism kan dock vara problematiskt, eftersom det beror på en förståelse av föregångaren till de språk som ska jämföras. Detta kan vara en relativt okomplicerad process när analysen omfattar ett välbevisat föregångsspråk, men blir svårare när den bygger på rekonstruktionen av ett protospråk – den hypotetiska föregångaren till en uppsättning besläktade språk. Många aspekter av protolanguage postuleras på grundval av en noggrann jämförelse av egenskaperna hos de kända efterkommande språken och är således avledda snarare än diagnostiska till sin natur.

När det gäller strukturen är forskarna i stort sett eniga om de viktigaste klustren: Akkadiska, den nordvästsemitiska gruppen, som omfattar de kananitiska och arameiska grupperna tillsammans med ugaritiska och amoritiska, arabiska, de gamla sydarabiska språken, de moderna sydarabiska språken (som inte härstammar från den gamla sydarabiska gruppen) och etiopiska. Vissa menar att det finns en sydsemitisk gruppering som består av modernt sydarabiska och etiopiskt (samt eventuellt arabiska och gammalt sydarabiskt). Eblaitiskans ställning, som delar drag med både akkadiska och de nordvästsemitiska språken, är fortfarande omdiskuterad.

Denna indelning utgör ramen för diskussioner om de genetiska relationerna mellan de semitiska språken. Akkadiskan har tydligt avskiljt sig från resten av språken ganska tidigt och bildat en östsemitisk gren som är skild från de återstående västsemitiska språken. Inom de västsemitiska språken ligger ett kritiskt problem i arabiskans ställning i förhållande till de andra västsemitiska grupperna: medan det arabiska verbets struktur i många avseenden speglar de nordvästsemitiska språkens struktur, tycks arabiskan i sitt ljudsystem och i sina ordbildningsprocesser vara närmare besläktad med de etiopiska och moderna sydarabiska grupperna. Många forskare kopplar ihop arabiskan med den nordvästsemitiska gruppen för att bilda en centralsemitisk gren; andra väljer att se arabiskan som en separat gren eller som en gren inom den sydsemitiska gruppen.

I motsats till de andra semitiska språken använder arabiskan, etiopiskan och de gamla och moderna sydarabiska grupperna regelbundet ”brutna” stammesmönster för att bilda substantiv i plural (se nedan substantiv och adjektiv). Eftersom det dock är troligt att brutna pluralformer i en eller annan grad redan var ett inslag i det semitiska urspråket, kan förekomsten av sådana pluralstrukturer inte användas som bevis för något särskilt nära genetiskt samband mellan dessa fyra grupper. Något starkare stöd för en separat sydsemitisk gren kan ses i sådana drag som f, som har utvecklats i arabiska, etiopiska och de moderna sydarabiska språken från det tidig-semitiska *p (symbolen * anger information som härrör från språklig rekonstruktion snarare än från direkt intygande).

Den form som den närvarande imperfektiva verbstammen antar i de olika språken har blivit allmänt använd som ett diagnostiskt drag vid klassificering av de semitiska språken (se nedan Verbal böjning). Om, som det har blivit allmänt accepterat, den form av verbalböjning som finns i både arabiska och de nordvästsemitiska språken representerar en innovativ utveckling som är gemensam för dessa språk, kommer detta särdrag att ge värdefullt stöd för teorin om en intermediär centralsemitisk gren.