Anomalien des Kiefergelenks (TMJ) lassen sich durch eine klinische Untersuchung nicht zuverlässig beurteilen. Die Magnetresonanztomographie (MRT) kann Gelenkanomalien darstellen, die mit keiner anderen bildgebenden Methode zu erkennen sind, und ist daher die beste Methode zur diagnostischen Beurteilung des Kiefergelenkstatus. Bei Patienten mit Kiefergelenkserkrankungen, die zur bildgebenden Diagnostik überwiesen werden, ist der vorherrschende Kiefergelenksbefund eine innere Abweichung im Zusammenhang mit einer Bandscheibenverschiebung. Dieser Befund ist deutlich häufiger als bei asymptomatischen Probanden und tritt bei bis zu 80 % der Patienten auf, die konsekutiv zur Kiefergelenk-Bildgebung überwiesen werden. Darüber hinaus scheinen bestimmte Arten von Diskusverlagerungen fast ausschließlich bei TMD-Patienten aufzutreten, nämlich vollständige Diskusverlagerungen, die sich bei Mundöffnung nicht zurückbilden. Andere intraartikuläre Anomalien können zusätzlich mit der Bandscheibenverlagerung einhergehen, vor allem Gelenkerguss (was bedeutet, dass mehr Flüssigkeit vorhanden ist als bei einem asymptomatischen Probanden) und Anomalien des Unterkieferkondylusmarkes (die bei Probanden nicht beobachtet werden). Diese Erkrankungen scheinen eng miteinander verbunden zu sein. Nahezu 15 % der TMD-Patienten, die konsekutiv zur Kiefergelenks-MRT überwiesen werden, haben einen Gelenkerguss, von denen etwa 30 % Knochenmarkanomalien aufweisen. In einem chirurgisch ausgewählten Material von Gelenken mit histologisch dokumentierten Knochenmarksanomalien wiesen fast 40 % einen Gelenkerguss auf. Die Bandscheibenverlagerung ist meist beidseitig, aber der Gelenkerguss scheint einseitig zu sein oder mit einer geringeren Flüssigkeitsmenge im kontralateralen Gelenk. Abnormes Knochenmark ist ebenfalls meist einseitig. Viele Patienten haben unilaterale Schmerzen oder mehr Schmerzen auf einer Seite. In einer Regressionsanalyse war die von den Patienten selbst angegebene Seitendifferenz der Kiefergelenkschmerzen positiv von Kiefergelenksergüssen und Anomalien des Kondylusmarkes, aber negativ von Anomalien der Kortikalis abhängig. Von den Gelenken mit Erguss wies nur ein Viertel eine Osteoarthritis auf. Es scheint also eine Untergruppe von TMD-Patienten zu geben, die eine schwerwiegendere intraartikuläre Pathologie aufweisen als nur eine Bandscheibenverlagerung, und zwar meist ohne Arthrose. Es sollte jedoch betont werden, dass Patienten mit Kiefergelenkserguss und/oder abnormalem Knochenmark im Unterkieferkondylus offenbar nur einen kleinen Teil (weniger als ein Viertel) der konsekutiven TMD-Patienten ausmachen, die zur diagnostischen Kiefergelenksbildgebung überwiesen werden. Bei der Mehrheit der Patienten liegt eine innere Störung vor, die mit einer Bandscheibenverschiebung zusammenhängt, aber keine begleitenden Gelenkanomalien aufweist. Bei Patienten mit rheumatoider Arthritis und anderen Arthritiden kann eine Kiefergelenkbeteiligung die häufigeren TMDs imitieren. Mittels MRT ist es in den meisten Fällen möglich, diese Patienten von denen ohne Synovialproliferation zu unterscheiden.