Toate scrierile lui Oken sunt ilustrații deductive ale unui principiu presupus, pe care, împreună cu alți filosofi ai școlii transcendentale, l-a considerat egal cu explicarea tuturor misterelor naturii. Potrivit lui, capul era o repetiție a trunchiului – un fel de al doilea trunchi, cu membrele și alte anexe; această sumă a observațiilor și comparațiilor sale – dintre care puține au fost prezentate în detaliu – trebuie să fie întotdeauna avută în vedere atunci când se compară partea luată de Oken în anatomia omologică cu progresul făcut de alți cultivatori ai acestei ramuri filosofice a științei. Ideea analogiei dintre craniu, sau părți ale craniului, și coloana vertebrală fusese anterior propusă și ventilată în prelegerile lor de Johann von Autenrieth (1772-1835) și Carl Kielmeyer (1765-1844), precum și în scrierile lui Johann Frank (1745-1821). De către Oken a fost aplicat în principal în ilustrarea sistemului mistic al lui Schelling – „totul-în-tot” și „totul-în-toate-partea”. De la cele mai vechi până la cele mai recente scrieri ale lui Oken pe această temă, „capul este o repetare a întregului trunchi cu toate sistemele sale: creierul este măduva spinării; craniul este coloana vertebrală; gura este intestinul și abdomenul; nasul este plămânii și toracele; fălcile sunt membrele, iar dinții sunt ghearele sau unghiile”. Johann von Spix (1781-1826), în broșura sa Cephalogenesis (1818), a ilustrat bogat craniologia comparată, dar a prezentat faptele sub aceeași înfățișare transcendentală; iar Georges Cuvier (1769-1832) a profitat de extravaganțele acestor discipoli ai lui Schelling pentru a arunca în ridicol întreaga cercetare a acelor relații superioare ale părților cu arhetipul pe care Sir Richard Owen (1804-1892) le-a numit „omologii generale”.”

Teoria vertebrală a craniului dispăruse practic din știința anatomică atunci când lucrările lui Cuvier se apropiau de sfârșit. În lucrarea lui Owen, Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton (Arhetipuri și omologii ale scheletului vertebratelor), ideea nu numai că a fost reînviată, dar a fost elaborată pentru prima dată în mod inductiv, iar teoria a fost enunțată în mod corect, după cum urmează: „Capul nu este un echivalent virtual al trunchiului, ci este doar o porțiune, adică anumite segmente modificate, din întregul corp. Maxilarele sunt „arcurile hemale” ale primelor două segmente; ele nu sunt membre ale capului” (p. 176).

În mod vag și ciudat, însă, deoarece Oken a îmbinat ideea cu concepția sa apriorică despre natura capului, șansa de a și-o însuși pare să fi învins simțul moral al lui Goethe – cu excepția cazului în care, într-adevăr, poetul s-a înșelat singur. Osteologia comparată a atras de timpuriu atenția lui Goethe. În 1786 a publicat la Jena eseul său Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, în care arăta că osul intermaxilar exista atât la om, cât și la brute. Dar nici un cuvânt din acest eseu nu oferă cel mai îndepărtat indiciu că ar fi deținut atunci ideea analogiilor vertebrale ale craniului. În 1820, în Morphologie, el a declarat pentru prima dată în mod public că, cu treizeci de ani înainte de data acestei publicații, descoperise relația secretă dintre vertebre și oasele capului și că a continuat mereu să mediteze asupra acestui subiect. Circumstanțele în care poetul, în 1820, povestește că a fost inspirat de ideea originală sunt suspect de analoge cu cele descrise de Oken în 1807, ca producând același efect asupra minții sale. În ambele cazuri se descoperă întâmplător un craniu albit: în cazul lui Oken era cel al unui cerb din pădurea Harz; în cazul lui Goethe era cel al unei oi culese de pe malul Lido, la Veneția.

Se poate presupune că Oken, în calitate de Privatdozent la Göttingen în 1806, nu știa nimic despre această idee sau descoperire inedită a lui Goethe, și că Goethe a aflat pentru prima dată că Oken avea ideea relațiilor vertebrale ale craniului atunci când a ascultat discursul introductiv în care tânărul profesor, invitat de poet la Jena, a ales tocmai această idee ca subiect. Este incredibil că Oken, dacă ar fi adoptat ideea de la Goethe, sau dacă ar fi fost conștient de o anticipare din partea acestuia, ar fi omis să recunoască sursa – nu ar fi trebuit mai degrabă să îmbrățișeze cu entuziasm o ocazie atât de potrivită de a aduce un omagiu grațios originalității și geniului patronului său.

În 1832, Oken a fost ales membru străin al Academiei Regale Suedeze de Științe.