Până la sfârșitul lunii iulie 1898, 13.000 de voluntari americani și 2.000 de trupe regulate au sosit pentru a prelua controlul asupra Filipinelor de la spanioli, în cadrul Războiului hispano-american. Împreună cu armata revoluționară filipineză, în număr de aproximativ 13.000, s-au confruntat cu 13.000 de spanioli în Manila. Americanii și filipinezii aveau ca obiectiv comun înfrângerea Spaniei, dar, ulterior, filipinezii și-au dorit independența, în timp ce SUA doreau ca Filipine să fie un teritoriu. Era o diferență menită să ducă la conflict.

Guvernatorul spaniol din Manila și-a dat seama că situația sa era fără speranță, dar a vrut să opună cel puțin o rezistență simbolică de dragul onoarei și pentru a evita o curte marțială acasă. De asemenea, se temea că rebelii filipinezi i-ar putea masacra trupele. Americanii doreau, de asemenea, să evite un masacru și să le refuze rebelilor legitimitatea politică pe care ar fi obținut-o prin cucerirea orașului. Așa că au făcut o înțelegere secretă: spaniolii ar fi opus o rezistență minimă dacă americanii promiteau să-i țină pe filipinezi afară. La 13 august, după o scurtă bătălie în care 17 soldați americani au fost uciși și 105 răniți, soldații americani au ocupat Manila și i-au închis pe filipinezi.

În conformitate cu termenii Tratatului de la Paris, Filipinele au devenit un teritoriu al Statelor Unite, nu o țară independentă. Senatul american mai trebuia să ratifice tratatul, dar filipinezii nu au așteptat să vadă ce se va întâmpla. Aceștia au înființat o republică cu capitala la Malolos și s-au pregătit să se opună oricărei încercări a Statelor Unite de a impune tratatul. În timp ce soldații din ambele tabere așteptau cu nerăbdare, relațiile dintre aliați s-au deteriorat, iar încăierările au devenit frecvente. Era doar o chestiune de timp până la izbucnirea violențelor la scară largă.

În noaptea de 4 februarie 1899, patrulele filipineze și americane au făcut schimb de focuri de armă în apropierea unui sat disputat. Focurile de armă s-au răspândit rapid, iar în zori americanii au lansat un atac. Până în prezent, nimeni nu știe cine a tras primul foc de armă, dar războiul a început.

La Washington, Senatul a ratificat la limită Tratatul de la Paris pe 6 februarie. După ce au cumpărat oficial Filipinele de la Spania, Statele Unite au declarat noua lor posesiune ca fiind în stare de insurecție.

Armata naționalistă de eliberare a Filipinelor avea 40.000 de soldați plus miliția locală, dar nu avea pregătire, disciplină și echipament. De asemenea, au suferit din cauza unei conduceri incompetente și lipsite de experiență. Trupele americane numărau mai puțin de 20.000 de oameni, dintre care majoritatea erau voluntari de stat care se așteptau să se întoarcă acasă acum că războiul cu Spania se încheiase. Cu toate acestea, voluntarii au luptat bine și, la sfârșitul lunii februarie, au alungat armata filipineză din Manila, zdrobind o revoltă chiar în interiorul orașului. Până la sfârșitul lunii martie, au capturat Malolos și au provocat o serie de înfrângeri drastice forțelor filipineze.

Campania a încetinit în vara anului 1899. Mica forță americană s-a luptat să opereze departe de baza lor din Manila. Bolile și oboseala au redus unele regimente cu 60 la sută. Când a sosit sezonul musonic, armata a fost supusă presiunilor politice pentru a trimite voluntarii de stat acasă.

Congresul a răspuns prin autorizarea unei forțe de voluntari pentru serviciul din Filipine. Spre deosebire de voluntarii de stat din 1898, aceste unități au fost organizate de guvernul federal. Până în septembrie 1899, au început să sosească noile regimente de voluntari americani, împreună cu unități suplimentare de soldați obișnuiți. Odată cu plecarea voluntarilor de stat, SUA a rămas cu o forță efectivă de puțin sub 27.000 de oameni. Presărând atacul, voluntarii au distrus o mare parte din armata naționalistă, împrăștiind restul. Naționaliștii au răspuns trecând la războiul de gherilă.

Modificarea tacticii a funcționat în favoarea lor. Terenul, format dintr-un labirint de orezării, munți și jungle, străbătut doar de poteci accidentate și câteva drumuri primitive, a oferit gherilelor filipineze numeroase avantaje față de americani, care s-au luptat cu geografia necunoscută și clima aspră.

Naționaliștii s-au reorganizat în comandamente regionale, completate de un guvern „din umbră”, pentru a purta un război de ambuscade, raiduri și atacuri surpriză menite să îi țină pe americani în dezechilibru. Gherilele s-au deghizat în non-combatanți, s-au amestecat cu civilii și au folosit o combinație de caritate și teroare pentru a-și asigura sprijinul populației locale. Naționaliștii au căutat să submineze voința de luptă a americanilor și să obțină o victorie politică, mai degrabă decât militară.

SUA și-au împărțit, de asemenea, trupele, dând comandamentelor regionale responsabilitatea pacificării unei anumite zone. Trupele au ocupat sute de posturi mici în orașe sau în apropierea acestora, care au servit trei scopuri: să protejeze populația de intimidarea gherilei, să interfereze cu capacitatea populației de a furniza hrană și recruți gherilei și să ofere baze pentru patrule de unități mici și raiduri în tufișuri în căutarea inamicului. Divizarea trupelor a cauzat probleme de aprovizionare, de moral, de comandă și de control. Bolile și oboseala au amenințat să submineze eficiența multor garnizoane mici. Cu toate acestea, strategia a ținut gherilele pe fugă și le-a uzat capacitatea de luptă.

Președintele McKinley a ordonat trupelor să „câștige încrederea, respectul și admirația locuitorilor din Filipine”, așa că forțele americane au lucrat, de asemenea, pentru a restabili societatea civilă prin construirea de școli și drumuri, refacerea piețelor, îmbunătățirea sănătății și a condițiilor sanitare și oferirea amnistiei gherilelor. Acestea au restabilit serviciile guvernamentale și au transferat treptat controlul politic către filipinezi. În ciuda acestor progrese, luptele au mai durat încă un an întreg. Noul comandant, generalul Arthur MacArthur, a permis o mai mare utilizare a încarcerării, deportării, execuției și confiscării și/sau distrugerii proprietății pentru a pedepsi gherilele.

Aceste măsuri mai dure, împreună cu promisiunea continuă a unui tratament echitabil și a unui guvern reprezentativ, au frânt în cele din urmă spinarea mișcării de rezistență. Ultimii comandanți revoluționari majori s-au predat în primăvara anului 1902; iar la 4 iulie, Statele Unite au proclamat oficial că insurecția a luat sfârșit.

În raportul său oficial, secretarul de război Elihu Root a concluzionat: „este evident că insurecția a luat sfârșit atât prin faptul că, pe de o parte, războiul a devenit anevoios și lipsit de speranță, cât și prin faptul că pacea a devenit atractivă.”

În cele din urmă, peste 126.000 de soldați regulari și voluntari au servit în Filipine între 1899 și 1902. Dintre aceștia, 1.000 au murit în luptă sau din cauza rănilor primite în luptă, alți 3.000 au murit din cauza bolilor și a altor cauze, iar aproape alți 3.000 au fost răniți.

.