În ceea ce privește bolile, Evul Mediu poate fi considerat ca începând cu ciuma din 542 și terminând cu Moartea Neagră (ciuma bubonică) din 1348. Printre bolile cu proporții epidemice se numără lepra, ciuma bubonică, variola, tuberculoza, scabia, erizipelul, antraxul, trahomul, boala transpirației și mania dansului (vezi infecția). Izolarea persoanelor cu boli transmisibile a apărut pentru prima dată ca răspuns la răspândirea leprei. Această boală a devenit o problemă serioasă în Evul Mediu și în special în secolele al XIII-lea și al XIV-lea.

Pesta Neagră, o epidemie de ciumă, a ajuns în porturile mediteraneene din sudul Europei în 1347 și în trei ani a cuprins întreaga Europă. Principala metodă de combatere a ciumei a fost izolarea cazurilor cunoscute sau suspecte, precum și a persoanelor care au fost în contact cu acestea. La început, perioada de izolare a fost de aproximativ 14 zile și, treptat, a fost mărită la 40 de zile. Agitați de Moartea Neagră, funcționarii publici au creat un sistem de control sanitar pentru a combate bolile contagioase, folosind posturi de observație, spitale de izolare și proceduri de dezinfecție. Eforturile majore de îmbunătățire a condițiilor sanitare au inclus dezvoltarea surselor de apă pură, eliminarea gunoiului și a apelor uzate și inspecția alimentelor. Aceste eforturi au fost deosebit de importante în orașe, unde oamenii trăiau în condiții de înghesuială, în mod rural, cu multe animale în jurul caselor lor.

În timpul Evului Mediu s-au făcut o serie de primii pași în domeniul sănătății publice: încercări de a face față condițiilor insalubre din orașe și, prin intermediul carantinei, de a limita răspândirea bolilor; înființarea de spitale; și furnizarea de îngrijire medicală și asistență socială.

.