La 11 noiembrie 1988, poliția s-a interesat de dispariția chiriașului Alberto Montoya, un bărbat cu dizabilități de dezvoltare și schizofrenie a cărui dispariție fusese semnalată de asistentul social. După ce au observat solul deranjat de pe proprietate, au descoperit cadavrul chiriașului Leona Carpenter, în vârstă de 78 de ani. În cele din urmă au fost găsite șapte cadavre îngropate pe proprietate.

Puente a fost acuzat de un total de nouă crime: Prietenul lui Puente, Everson Gillmouth, 77 de ani, și opt chiriași care locuiau în pensiune: Ruth Munroe, 61 de ani; Leona Carpenter, 78 de ani; Alvaro „Bert/Alberto” Gonzales Montoya, 51 de ani; Dorothy Miller, 64 de ani; Benjamin Fink, 55 de ani; James Gallop, 62 de ani; Vera Faye Martin, 64 de ani; și Betty Palmer, 78 de ani.

În timpul investigației inițiale, Puente nu a fost imediat suspectă, și i s-a permis să părăsească proprietatea, aparent pentru a cumpăra o cafea la un hotel din apropiere. În schimb, după ce a cumpărat cafeaua, a fugit imediat în Los Angeles, unde s-a împrietenit cu un pensionar în vârstă pe care îl întâlnise într-un bar. Cu toate acestea, pensionarul a recunoscut-o din relatările poliției de la televizor și a sunat autoritățile.

Procesul lui Puente a fost mutat în Monterey County, California, în urma unei moțiuni de schimbare a locului de judecată depusă de avocații ei, Kevin Clymo și Peter Vlautin III. Procesul a început în octombrie 1992 și s-a încheiat un an mai târziu. Procurorul, John O’Mara, a fost supervizor de omucideri în cadrul biroului procurorului districtual din comitatul Sacramento.

O’Mara a chemat peste 130 de martori; el a susținut în fața juriului că Puente a folosit somnifere pentru a-și adormi chiriașii, apoi i-a sufocat și a angajat condamnați pentru a săpa gropile din curtea ei. Clymo și-a încheiat pledoaria finală arătând o imagine folosită în mod obișnuit în psihologie care poate fi privită în diferite moduri și spunând: „Țineți minte că lucrurile nu sunt întotdeauna așa cum par”. Juriul a deliberat mai bine de o lună și, în cele din urmă, l-a găsit pe Puente vinovat de trei crime. Juriul a fost în impas cu 11 la 1 pentru condamnarea tuturor capetelor de acuzare, iar singura persoană care a rezistat a fost în cele din urmă de acord cu o condamnare pentru două capete de acuzare de crimă de gradul întâi, inclusiv circumstanțe speciale, și un capăt de acuzare de crimă de gradul doi. Faza de pedeapsă a acuzării a fost evidențiată de condamnările ei anterioare prezentate de O’Mara.

Depunerea a chemat mai mulți martori care au arătat că Puente avea o latură generoasă și grijulie. Martorii, inclusiv fiica ei pierdută de mult timp, au mărturisit cum Puente i-a ajutat în tinerețe și i-a îndrumat spre cariere de succes. Experții în sănătate mintală au depus mărturie despre educația abuzivă a lui Puente și despre modul în care aceasta a motivat-o să îi ajute pe cei mai puțin norocoși. În același timp, ei au fost de acord că ea avea o latură malefică, provocată de stresul de a avea grijă de chiriașii ei fără adăpost.

Argumentul final al lui O’Mara s-a concentrat pe actele de crimă ale lui Puente:

Devine cineva responsabil pentru comportamentul său în această lume? … Acești oameni erau ființe umane, aveau dreptul de a trăi – nu aveau o mulțime de bunuri – nu case – nu mașini – doar cecurile lor de asigurări sociale și viețile lor. Ea le-a luat pe toate… Moartea este singura pedeapsă potrivită.

Clymo a răspuns evocând-o pe Dorothea, copilul și îngrijitoarea. Peter Vlautin s-a adresat juraților pe un ton confidențial, contrastând cu strigătele lui O’Mara:

Suntem astăzi aici pentru a stabili un singur lucru: Care este valoarea vieții lui Dorothea Puente? Aceasta este întrebarea. Trebuie ea să fie ucisă?” Vlautin a vorbit cu blândețe despre copilăria lui Puente atingând aspectele traumatice care i-au modelat viața și i-a îndemnat pe jurați să vadă lumea prin ochii ei. „Ați auzit de disperarea care a stat la baza vieții ei, de furie și de resentimente… Dacă cineva din sala juriului vă spune că nu a fost atât de rău, întrebați-l dacă ar vrea să vi se întâmple așa ceva? Ați vrea să li se întâmple așa ceva copiilor voștri? … Sunt convinsă că, dacă există vreun motiv pentru care să trăim aici, pe acest Pământ, este acela de a ne spori cumva umanitatea unii altora, de a iubi, de a ne atinge unii pe alții cu bunătate, de a ști că ai făcut măcar o singură persoană să respire mai ușor pentru că ai trăit. Vă spun, doamnelor și domnilor, că acesta este motivul pentru care acești oameni au venit să depună mărturie pentru Dorothea Puente… Cred că nu puteți înțelege cu adevărat de ce atât de mulți oameni au depus mărturie și v-au cerut să cruțați viața lui Dorothea decât dacă ați căzut vreodată și v-ați împiedicat pe drumul vieții și ați avut pe cineva care să vă ridice, să vă dea alinare, să vă dea dragoste, să vă arate calea. Atunci veți înțelege de ce acești oameni cred că viața lui Dorothea merită salvată. Aceasta este o circumstanță atenuantă. Aceasta este o calitate umană care merită să fie păstrată. Este o flacără de umanitate care a ars în Dorothea încă de când era tânără… Acesta este un motiv pentru a-i acorda lui Dorothea Puente închisoare pe viață fără posibilitatea de eliberare condiționată.