Avbelj și colaboratorii (2) constată diferențe semnificative în proporția celor trei conformații între dipeptide de diferiți aminoacizi și au reușit să măsoare schimbările cu compoziția, temperatura, starea de ionizare a lanțului lateral și compoziția solventului, care sunt bine cunoscute ca afectând conformația lanțurilor desfășurate (5). Conformația reziduurilor din lanțurile scurte se distribuie aproximativ ca cea a reziduurilor din dipeptide. Interacțiunea dintre reziduurile din lanțurile scurte este minimă, deoarece atomii Cα ai reziduurilor succesive sunt separați de trei legături, dintre care una este legătura peptidică rigidă (6). Pe măsură ce lanțurile devin mai lungi, interacțiunile cooperative cu rază medie de acțiune favorizează formarea unor porțiuni de structură α-helicoidală. Cu toate acestea, amploarea formării de helixuri necesită o compoziție favorabilă a aminoacizilor, în ceea ce privește propensiunea intrinsecă a reziduurilor pentru helixuri și factori precum prezența interacțiunilor de stabilizare a helixurilor între lanțurile laterale. Aceste condiții au fost stabilite prin investigații extinse (de exemplu, ref. 7). Pe măsură ce lanțurile devin și mai lungi, sunt posibile interacțiuni suplimentare cu rază lungă de acțiune între lanțurile laterale. În special, atracția dintre lanțurile laterale hidrofobe poate duce la formarea unor structuri colapsate, dar nu foarte ordonate – așa-numitele globule topite. Aceste globule topite se pot forma, de asemenea, ca intermediari în procesul de formare a conformației pliate, biologic active, a unei proteine din starea desfășurată (8).

Deocamdată, rămâne să se stabilească o legătură completă între aceste diferențe de preferință conformațională și diferențele de structură moleculară și interacțiuni moleculare, lucru care este cel mai bine abordat cu ajutorul simulărilor moleculare. Cu toate acestea, diferitele câmpuri de forță care sunt utilizate pe scară largă nu concordă bine între ele în ceea ce privește distribuțiile conformaționale ale dipeptidelor de alanină și glicină în soluție apoasă (9). Avbelj și colaboratorii (2) subliniază faptul că detaliile distribuțiilor nou măsurate ar trebui să servească drept referință cheie pentru producerea unui câmp de forță rafinat, care poate fi apoi utilizat cu mai multă încredere în simulările de polipeptide desfășurate în soluție. Cel mai important, ne putem aștepta ca această acuratețe sporită să îmbunătățească în mod semnificativ acuratețea simulării replierii proteinelor mici cu utilizarea reprezentării atomice și a solvării explicite, care a fost realizată recent datorită creșterii puterii calculatoarelor și îmbunătățirii metodelor de simulare (10, 11). Determinarea de rutină a structurii proteinelor mici prin pliere simulată, ca alternativă la cristalografia cu raze X și la spectroscopia RMN, pare să fie la un pas. Acuratețea câmpurilor de forță utilizate în aceste simulări va fi atunci de cea mai mare preocupare.

.