Domenele sunt unități funcționale și/sau structurale distincte într-o proteină. De obicei, ele sunt responsabile pentru o anumită funcție sau interacțiune, contribuind la rolul general al unei proteine. Domeniile pot exista într-o varietate de contexte biologice, în care domenii similare pot fi găsite în proteine cu funcții diferite.

De exemplu, domeniile Src homologie 3 (SH3) sunt domenii mici de aproximativ 50 de reziduuri de aminoacizi care sunt implicate în interacțiuni proteină-proteină. Domeniile SH3 au o structură 3D caracteristică (figura 4). Ele apar într-o gamă diversă de proteine cu funcții diferite, inclusiv proteine adaptoare, fosfatidilinositol 3-kinaze, fosfolipaze și miozine.

Un exemplu de proteină care conține mai multe domenii SH3 este proteina citoplasmatică Nck. Nck aparține familiei de proteine adaptoare și este implicată în transducția semnalelor de la receptorii tirosin-kinazici ai factorilor de creștere către receptorii de semnal din aval. Compoziția domeniilor lui Nck este ilustrată în figura 5.

Așa cum tocmai am văzut cu Nck, proteinele pot fi compuse din mai multe domenii. Adesea, domeniile individuale au funcții specifice, cum ar fi legarea unei anumite molecule sau catalizarea unei anumite reacții, iar împreună acestea contribuie la rolul general al proteinei (a se vedea, de exemplu, compoziția domenială a enzimei fosfolipaza D1 din figura 6 de mai jos).

Proteina conține un domeniu PX (phox) care este implicat în legarea fosfatidilinositolului, un domeniu PH (pleckstrin homology) care are un rol în direcționarea enzimei către anumite locații din interiorul celulei și două domenii PLD (fosfolipază D) responsabile de activitatea catalitică a proteinei.

.