Orașul Houston a stabilizat exteriorul clădirii, iar membrii Houston Aviation Alliance au lucrat pentru a salva terminalul. În 1998, Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), o organizație non-profit, a fost înființată în principal pentru a salva clădirea terminalului amenințată. HAHS a recunoscut că finanțarea și renovarea trebuie realizate în etape și a creat un plan de restaurare a clădirii în timp. La sfârșitul anului 2003, antreprenorii HAHS au finalizat lucrările de reducere a azbestului și a plumbului din aripa nordică a terminalului. Procesul de reducere a îndepărtat tencuiala originală de pe pereții interiori, lăsând intacți pereții-cortină din țiglă neportanți ai terminalului.

Aripioara de nord a terminalului aerian a fost deschisă publicului în februarie 2004 ca primă fază a muzeului. Aripa nordică restaurată a terminalului a adăpostit colecția muzeului și magazinul de cadouri și a servit ca bază de operațiuni a muzeului în timp ce se finaliza strângerea de fonduri și restaurarea restului clădirii.

În restul clădirii s-a finalizat reducerea azbestului în mai 2008 și s-a finalizat reconstrucția atriumului și a mezaninului în februarie 2009. Întregul etaj inferior va fi restaurat la starea sa inițială atunci când fondurile o vor permite. Muzeul se va extinde și va ocupa întregul prim etaj al clădirii terminalului și apoi va începe renovarea etajelor superioare.

Institutul American de Aeronautică & Astronautică (AIAA) a desemnat Muzeul Terminalului Aerian din 1940 ca fiind un sit aerospațial istoric. Terminalul aerian din 1940 este cel de-al 35-lea sit aerospațial al AIAA, recunoscut ca un exemplu rar de arhitectură aeroportuară clasică Art Deco. În februarie 2010, Houston Aeronautical Heritage Society a primit premiul Good Brick Award pentru excelență în conservare pentru Muzeul Terminalului Aerian din 1940. Premiile Good Brick sunt acordate anual de către Greater Houston Preservation Alliance. În 2008, Houston Press a declarat terminalul drept „cea mai bună piesă de istorie a aviației”.

În 2008, HAHS a primit o licență pentru cel mai vechi hangar din incinta Aeroportului Hobby, un hangar de întreținere a flotei Great Silver Fleet din 1929. Organizația va folosi acest hangar pentru a expune exponate mai mari din colecție, cum ar fi două simulatoare, și colecția de aeronave a HAHS, care include un avion de linie executiv Lockheed Lodestar din 1943 și un elicopter S-58 Sikorsky care a fost echipat pentru transportul civil greu.

.