Ascendența hipopotamilor este oarecum o enigmă. Multă vreme, paleontologii au crezut că aceste animale semi-acvatice, cu morfologia lor neobișnuită (canini și incisivi cu creștere continuă, craniu primitiv și model de uzură a dinților trifoliate), sunt înrudite cu familia Suidae, care include porcii și pecarii. Însă, în anii 1990 și 2000, comparațiile ADN au arătat că cele mai apropiate rude vii ale hipopotamului sunt cetaceele (balene, delfini etc.), ceea ce nu a fost de acord cu majoritatea interpretărilor paleontologice. Mai mult, lipsa fosilelor a îngreunat în mod semnificativ încercările de a descoperi adevărul despre evoluția hipopotamului.

O nouă lucrare paleontologică a unui grup de cercetători francezi și kenyeni a dezvăluit acum că hipopotamii nu sunt înrudiți cu suoidele, ci descind dintr-un alt grup, acum dispărut. Noile fosile studiate au făcut posibilă construirea primului scenariu evolutiv care este compatibil atât cu datele genetice, cât și cu cele paleontologice. Analizând o jumătate de mandibulă și mai mulți dinți descoperiți la Lokone (în bazinul lacului Turkana, Kenya), echipa franco-kenyană a descris o nouă specie fosilă (aparținând unui nou gen (2)), datând de acum aproximativ 28 de milioane de ani. Ei au numit-o Epirigenys lokonensis, de la cuvântul „Epiri” care înseamnă hipopotam în limba Turkana și de la locul descoperirii, Lokone.

Prin compararea caracteristicilor dinților fosili cu cele ale rumegătoarelor, suoidelor, hipopotamilor și antracoterelor fosile (o familie dispărută de ungulate), cercetătorii au reconstituit relațiile dintre aceste grupuri. Rezultatele arată că Epirigenys formează un fel de tranziție evolutivă între cel mai vechi hipopotam cunoscut din arhiva fosilă (în urmă cu aproximativ 20 de milioane de ani) și un neam de antracotere. Această poziție în arborele vieții este compatibilă cu datele genetice, confirmând că cetaceele sunt cei mai apropiați verișori în viață ai hipopotamilor.

Acest tip de descoperire ar putea permite într-o zi oamenilor de știință să deseneze o imagine a strămoșului comun al cetaceelor și al hipopotamilor. Într-adevăr, analiza speciei Epirigenys (veche de 28 de milioane de ani) a legat hipopotamii de astăzi de un neam de antracotere, dintre care cele mai vechi datează de aproximativ 40 de milioane de ani. Cu toate acestea, până acum, cel mai vechi strămoș cunoscut al hipopotamilor avea o vechime de aproximativ 20 de milioane de ani, în timp ce primele fosile de cetacee au o vechime de 53 de milioane de ani. Diferența de timp dintre hipopotamii de astăzi și cele mai vechi cetacee este astfel umplută cu aproape 75% conform scenariului actual.

În plus, această descoperire arată întreaga istorie a faunei africane într-o nouă lumină. Africa a fost un continent izolat de acum aproximativ 110 până la 18 milioane de ani. Cea mai mare parte a faunei africane emblematice (lei, leoparzi, rinoceri, bivoli, girafe, zebre etc.) sunt sosiți relativ recent pe continent (sunt acolo de mai puțin de 20 de milioane de ani). Până acum, se credea că același lucru este valabil și în cazul hipopotamilor, dar descoperirea lui Epirigenys demonstrează că strămoșii lor antracoteri au migrat din Asia în Africa cu aproximativ 35 de milioane de ani în urmă.

.