Em termos de doença, a Idade Média pode ser considerada como começando com a peste de 542 e terminando com a Peste Negra (peste bubônica) de 1348. As doenças em proporções epidémicas incluem lepra, peste bubónica, varíola, tuberculose, sarna, erisipela, antraz, tracoma, doença do suor e mania dançante (ver infecção). O isolamento de pessoas com doenças transmissíveis surgiu primeiro em resposta à propagação da hanseníase. Esta doença tornou-se um problema grave na Idade Média e particularmente nos séculos XIII e XIV.

A Peste Negra, um surto de peste, chegou aos portos mediterrâneos do sul da Europa em 1347 e em três anos varreu toda a Europa. O principal método de combate à peste era isolar os casos conhecidos ou suspeitos, bem como as pessoas que tinham estado em contacto com eles. O período de isolamento no início foi de cerca de 14 dias e gradualmente foi aumentado para 40 dias. Agitados pela Peste Negra, funcionários públicos criaram um sistema de controle sanitário para combater doenças contagiosas, utilizando estações de observação, hospitais de isolamento e procedimentos de desinfecção. Os principais esforços para melhorar o saneamento incluíram o desenvolvimento do abastecimento de água pura, a coleta de lixo e esgoto, e a inspeção de alimentos. Esses esforços foram especialmente importantes nas cidades, onde as pessoas viviam em condições de aglomeração, de forma rural, com muitos animais ao redor de suas casas.

Durante a Idade Média foram dados alguns primeiros passos na saúde pública: tentativas de lidar com as condições insalubres das cidades e, por meio de quarentena, limitar a propagação de doenças; o estabelecimento de hospitais; e a prestação de cuidados médicos e assistência social.