Esta avaliação ultra-sonográfica é oferecida nesta fase porque o bebé já cresceu o suficiente e é mais fácil de avaliar com boa precisão os seus órgãos internos. Há um exame sistemático de todas as estruturas do embrião quanto à sua morfologia e medidas. Isto inclui o exame do cérebro e do crânio, do rosto, do peito e dos pulmões, do coração e dos vasos sanguíneos, da parede abdominal e das vísceras, da morfologia do tracto urinário e genital em rapazes e raparigas, dos membros superiores e inferiores e da coluna vertebral. Há também a oportunidade de olhar para o feto para a presença de marcadores sonográficos (marcadores suaves). A sua presença altera a probabilidade de anomalias cromossómicas. Tais marcadores são um fêmur curto ou úmero, focos ecogênicos no coração, hidronefrose leve, plexos coróides no cérebro fetal, intestino ecogênico, osso nasal curto ou prega nucal aumentada. No entanto, a maioria dos embriões que apresentam um ou mais marcadores sonográficos são geralmente fetos saudáveis. Mas como estes marcadores estão frequentemente presentes em fetos com anomalias cromossómicas, a sua presença altera o risco que foi dado no momento da translucência nucal no primeiro trimestre.

Neste exame também é verificada a posição da placenta, a quantidade de líquido amniótico. O comprimento do colo do útero é medido, um colo do útero curto pode indicar se a mãe está em risco de parto prematuro. Também realizamos nesta fase o Doppler das artérias uterinas que nos pode mostrar se esta gravidez tem um risco aumentado de desenvolver pré-eclâmpsia ou restrição do crescimento intra-uterino. Através deste exame ultra-sónico são detectadas muitas anomalias congénitas, mas não todas. Devemos salientar que quando não são detectadas anomalias por este exame ultra-sonográfico o risco do bebé ter um problema anatómico diminui significativamente, mas não é eliminado.