Ta ocena ultrasonograficzna jest oferowana na tym etapie, ponieważ dziecko wystarczająco urosło i łatwiej jest ocenić z dobrą dokładnością jego narządy wewnętrzne. Systematycznie badane są wszystkie struktury embrionu pod względem morfologii i wymiarów. Obejmuje to badanie mózgu i czaszki, twarzy, klatki piersiowej i płuc, serca i jego naczyń krwionośnych, ściany jamy brzusznej i trzewi, morfologii dróg moczowych i płciowych u chłopców i dziewczynek, kończyn górnych i dolnych, kręgosłupa. Istnieje również możliwość obejrzenia płodu pod kątem obecności markerów sonograficznych (markerów miękkich). Ich obecność zmienia prawdopodobieństwo wystąpienia nieprawidłowości chromosomalnych. Takimi markerami są: krótka kość udowa lub ramienna, echogeniczne ogniska w sercu, łagodne wodonercze, sploty naczyniowe w mózgu płodu, echogeniczne jelita, krótka kość nosowa czy zwiększony fałd karkowy. Jednak większość embrionów, które wykazują jeden lub więcej markerów sonograficznych, to zazwyczaj zdrowe płody. Ale ponieważ markery te są często obecne u płodów z nieprawidłowościami chromosomalnymi, ich obecność zmienia ryzyko, które zostało podane w czasie badania przezierności karkowej w pierwszym trymestrze.

Podczas tego badania sprawdza się również położenie łożyska, ilość płynu owodniowego. Mierzona jest długość szyjki macicy, krótka szyjka może wskazywać, czy matka jest zagrożona przedwczesnym porodem. Na tym etapie wykonujemy również badanie dopplerowskie tętnic macicznych, które może nam pokazać, czy ciąża ma zwiększone ryzyko rozwoju stanu przedrzucawkowego lub wewnątrzmacicznego ograniczenia wzrostu. W tym badaniu ultrasonograficznym wykrywa się wiele wad wrodzonych, ale nie wszystkie. Należy podkreślić, że jeśli w tym badaniu ultrasonograficznym nie wykryto żadnych nieprawidłowości, ryzyko, że dziecko będzie miało problem anatomiczny znacznie się zmniejsza, ale nie jest wyeliminowane.