Do końca lipca 1898 r. 13 000 ochotników amerykańskich i 2 000 regularnych żołnierzy przybyło, aby przejąć kontrolę nad Filipinami od Hiszpanów w ramach wojny hiszpańsko-amerykańskiej. Razem z filipińską armią rewolucyjną, liczącą około 13 000, zmierzyli się z 13 000 Hiszpanów w Manili. Amerykanie i Filipińczycy mieli wspólny cel pokonania Hiszpanii, ale potem Filipińczycy chcieli niepodległości, podczas gdy Stany Zjednoczone chciały Filipin jako terytorium. Była to różnica, która miała prowadzić do konfliktu.

Hiszpański gubernator w Manili zdawał sobie sprawę, że jego sytuacja jest beznadziejna, ale chciał stawiać przynajmniej symboliczny opór ze względu na honor i uniknąć sądu wojennego w domu. Obawiał się również, że filipińscy rebelianci mogą zmasakrować jego oddziały. Amerykanie również chcieli uniknąć masakry i pozbawić rebeliantów politycznej legitymacji, którą zyskaliby dzięki zdobyciu miasta. Zawarli więc tajny układ: Hiszpanie będą stawiać minimalny opór, jeśli Amerykanie obiecają nie wpuszczać Filipińczyków. 13 sierpnia, po krótkiej bitwie, w której zginęło 17 amerykańskich żołnierzy, a 105 zostało rannych, amerykańscy żołnierze zajęli Manilę i zamknęli Filipińczyków.

Według warunków traktatu paryskiego Filipiny stały się terytorium Stanów Zjednoczonych, a nie niezależnym krajem. Senat USA musiał jeszcze ratyfikować traktat, ale Filipińczycy nie czekali, by zobaczyć, co się stanie. Ustanowili republikę ze stolicą w Malolos i przygotowali się na opór wobec wszelkich amerykańskich prób wyegzekwowania traktatu. Żołnierze po obu stronach czekali z niecierpliwością, stosunki między sojusznikami pogorszyły się i doszło do częstych starć. To była tylko kwestia czasu, zanim wybuchnie przemoc na pełną skalę.

W nocy 4 lutego 1899 roku, filipińskie i amerykańskie patrole wymieniły się strzałami w pobliżu spornej wioski. Ostrzał szybko się rozprzestrzenił, a o świcie Amerykanie przypuścili atak. Do dziś nikt nie wie, kto oddał pierwszy strzał, ale wojna się rozpoczęła.

W Waszyngtonie Senat 6 lutego ratyfikował Traktat Paryski. Po formalnym wykupieniu Filipin od Hiszpanii, Stany Zjednoczone ogłosiły, że ich nowe posiadanie jest w stanie powstania.

Nacjonalistyczna Armia Wyzwolenia Filipin miała 40 000 żołnierzy plus lokalną milicję, ale brakowało jej wyszkolenia, dyscypliny i wyposażenia. Oni także cierpieć od niekompetentny i niedoświadczony przywództwo. Wojska amerykańskie liczyły mniej niż 20 000 ludzi, z których większość stanowili ochotnicy, którzy spodziewali się wrócić do domu po zakończeniu wojny z Hiszpanią. Mimo to ochotnicy walczyli dobrze i pod koniec lutego wyparli armię filipińską z Manili, miażdżąc rewoltę w samym mieście. Do końca marca zdobyli Malolos i zadali szereg dotkliwych porażek siłom filipińskim.

Kampania uległa spowolnieniu latem 1899 roku. Małe siły amerykańskie z trudem operowały z dala od swojej bazy w Manili. Choroby i zmęczenie zredukowały niektóre pułki o 60 procent. Kiedy nadeszła pora monsunowa, armia znalazła się pod presją polityczną, aby odesłać ochotników do domu.

Congress responded by authorizing a force of volunteers for Philippines’ service. W przeciwieństwie do ochotników stanowych z 1898 roku, jednostki te zostały zorganizowane przez rząd federalny. Do września 1899 roku nowe pułki ochotników amerykańskich, wraz z dodatkowymi jednostkami regularnymi, zaczęły napływać. Po odejściu ochotników stanowych, Stany Zjednoczone dysponowały efektywną siłą nieco poniżej 27 000 ludzi. Naciskając na atak, ochotnicy zniszczyli znaczną część armii nacjonalistycznej, rozrzucając resztę. Nacjonaliści odpowiedzieli przejściem do walki partyzanckiej.

Zmiana taktyki działała na ich korzyść. Teren, składający się z labiryntu pól ryżowych, gór i dżungli, poprzecinany jedynie nierównymi szlakami i kilkoma prymitywnymi drogami, dał filipińskim partyzantom liczne przewagi nad Amerykanami, którzy zmagali się z nieznaną geografią i surowym klimatem.

Nacjonaliści zreorganizowali się w regionalne dowództwa, wraz z rządem „cieni”, aby prowadzić wojnę zasadzek, nalotów i ataków z zaskoczenia, których celem było utrzymanie Amerykanów w równowadze. Partyzanci przebierali się za nie-bojowników, mieszali się z cywilami i używali kombinacji dobroczynności i terroru, aby zapewnić sobie poparcie miejscowej ludności. Nacjonaliści starali się osłabić amerykańską wolę walki i osiągnąć zwycięstwo polityczne, a nie militarne.

USA podzieliły również swoje wojska, dając regionalnym dowództwom odpowiedzialność za pacyfikację konkretnego obszaru. Oddziały obsadziły setki małych posterunków w miastach lub w ich pobliżu, które służyły trzem celom: ochronie ludności przed zastraszaniem przez partyzantów, zakłócaniu zdolności ludności do dostarczania partyzantom żywności i rekrutów oraz zapewnieniu baz dla patroli małych jednostek i rajdów w busz w poszukiwaniu wroga. Podział oddziałów powodował problemy z zaopatrzeniem, morale, dowodzeniem i kontrolą. Choroby i zmęczenie groziły osłabieniem skuteczności wielu małych garnizonów. Niemniej jednak strategia ta utrzymywała partyzantów w odwodzie i obniżała ich zdolność do walki.

Prezydent McKinley nakazał wojskom „zdobyć zaufanie, szacunek i podziw mieszkańców Filipin”, więc siły amerykańskie pracowały również nad przywróceniem społeczeństwa obywatelskiego, budując szkoły i drogi, odnawiając rynki, poprawiając stan zdrowia i warunki sanitarne oraz oferując partyzantom amnestię. Przywrócono usługi rządowe i stopniowo przekazano kontrolę polityczną Filipińczykom. Mimo tych postępów, walki trwały jeszcze cały rok. Nowy dowódca, generał Arthur MacArthur, zezwolił na częstsze stosowanie więzienia, deportacji, egzekucji oraz konfiskaty i/lub niszczenia mienia w celu ukarania partyzantów.

Te surowsze środki, wraz z ciągłą obietnicą sprawiedliwego traktowania i reprezentatywnego rządu, ostatecznie złamały kręgosłup ruchu oporu. Ostatni główni dowódcy rewolucji poddali się wiosną 1902 roku, a 4 lipca Stany Zjednoczone oficjalnie ogłosiły koniec powstania.

W swoim oficjalnym raporcie, Sekretarz Wojny Elihu Root stwierdził, że „jest oczywiste, że powstanie zostało zakończone zarówno poprzez uczynienie wojny niepokojącą i beznadziejną z jednej strony, jak i poprzez uczynienie pokoju atrakcyjnym.”

W sumie ponad 126 000 regularnych i ochotniczych żołnierzy służyło na Filipinach w latach 1899-1902. Spośród nich 1 000 zginęło w bitwie lub z ran otrzymanych w walce, 3 000 kolejnych zmarło z powodu chorób i innych przyczyn, a prawie kolejne 3 000 zostało rannych.

.