Był drugim kościołem rzymskokatolickim w Filadelfii. Został zbudowany w 1763 r. jako kościół niedzielny dla parafian starego kościoła św. Ostatecznie stał się samodzielną parafią. Kościół odgrywał ważną rolę w życiu kolonialnej i rewolucyjnej Filadelfii.

Kościół Old St. Mary’s był miejscem pierwszego publicznego religijnego upamiętnienia Deklaracji Niepodległości.

Kościół Old St. Mary stał się pierwszą katedrą rzymskokatolickiej diecezji filadelfijskiej w 1810 roku. Pozostał nią do 1838 roku.

Wiele wybitnych postaci Filadelfii Kolonialnej i Rewolucji uczęszczało do tego historycznego kościoła.

Członkowie Kongresu Kontynentalnego uczestniczyli w nabożeństwach tutaj czterokrotnie w latach 1777-1781. George Washington, w duchu ekumenicznym, oddawał tu cześć co najmniej dwukrotnie. Purytanin John Adams również tu przychodził i napisał do swojej żony Abigail,

„muzyka, składająca się z organów i chóru śpiewaków, rozbrzmiewała przez całe popołudnie z wyjątkiem czasu kazania, a zgromadzenie śpiewało najbardziej słodko i wykwintnie. Jest tu wszystko, co może zawładnąć okiem, uchem i wyobraźnią, wszędzie, co może oczarować i zaczarować prostego i nieświadomego, zastanawiam się, jak Luter kiedykolwiek złamał ten czar.” – Biblioteka Kongresu USA

.