Przewlekłe zakażenie Helicobacter pylori (H. pylori) jest znanym czynnikiem ryzyka raka żołądka. Odsetek eradykacji zakażenia H. pylori za pomocą klasycznego potrójnego leczenia PPI i antybiotyków jest niski. Dlatego też probiotyki są użytecznym narzędziem do poprawy szybkości eradykacji i redukcji efektów ubocznych. Kilka badań na modelach zwierzęcych wykazało, że Lactobacillus spp. same lub w połączeniu z innymi szczepami probiotycznymi mają hamujący wpływ na wzrost i tłumienie odpowiedzi zapalnej w zakażeniach H. pylori. Jednakże, niektóre badania wykazały znaczący wpływ szczepów Pediococcus na supresję, przeżywalność i eradykację infekcji H. pylori. Dlatego też sugeruje się, że w leczeniu zakażeń H. pylori, oprócz typowych szczepów probiotycznych, można stosować różne szczepy Pediococcus. Ostatnie badania wykazały, że Lactobacillus reuteri i Lactobacillus gasseri same z IPP u ludzi mają wysoki efekt eradykacji zakażeń H. pylori i są sugerowane jako probiotyki do leczenia pacjentów w przyszłych protokołach terapeutycznych. W odniesieniu do procesu leczenia probiotykami nie należy zalecać, aby probiotyki mogły być stosowane jako pojedyncza metoda leczenia eradykacji H. pylori. Jednakże, stosowanie probiotyków jako suplementu zwiększy eradykację i zmniejszy efekty uboczne związane z leczeniem. Powszechnie uważa się, że probiotyki mogą poprawić eradykację H. pylori i zmniejszyć efekty uboczne podczas standardowego leczenia, ale niektóre gatunki bakterii probiotycznych mogą być użyteczne podczas terapii lekami. Ogólnie rzecz biorąc, suplementy probiotyczne mogą zwiększyć stopień eradykacji zakażeń H. pylori i zmniejszyć działania niepożądane antybiotyków.