Martin Waldseemüller urodził się w Radolfzell nad Bodensee i immatrykulował na uniwersytecie we Fryburgu w 1490 roku. Znaczna część wczesnego życia Waldseemüllera jest niejasna. Po raz pierwszy ujawnia się jako członek grupy humanistów i geografów, która rozwijała się na dworze księcia Lotaryngii René II i wpłynęła na zainteresowanie geografią w Niemczech w XVI wieku. Wieści o odkryciach w Nowym Świecie szybko dotarły do transalpejskiej Europy, a Alzacja i Lotaryngia stały się wkrótce ważnymi ośrodkami zainteresowania i studiów nad odkryciami i ich konsekwencjami.

Kiedy na dwór dotarły kopie listów Amerigo Vespucciego, wzbudziły one jeszcze większe zainteresowanie Nowym Światem, a w 1507 r. Waldseemüller opublikował tom Cosmographiae introductio, który zawierał opis Nowego Świata oraz tłumaczenie listów Vespucciego. Szukając nazwy dla nowych lądów, Waldseemüller (który nie słyszał wtedy o Krzysztofie Kolumbie) zaproponował, aby nazwać je Ameryką, na cześć Vespucciego. Chociaż Waldseemüller zaproponował później zmianę, gdy dowiedział się o roli Kolumba w odkryciach, jego pierwotna sugestia stała się zbyt popularna. Ameryka pozostała powszechnym określeniem dla nowych kontynentów, a Waldseemüller zachował przydomek „ojca chrzestnego Ameryki”

W 1507 roku Waldseemüller opublikował kolejną pracę, która miała mieć ogromny wpływ na późniejszą kartografię, jego wielką mapę świata. Ta drzeworytnicza mapa, wyryta na 12 klockach, stała się jednym z najwcześniejszych przykładów humanistycznego zainteresowania kartografią Nowego Świata. W tym samym roku Waldseemüller skonstruował również globus. Przez następne 30 lat były to standardowe przykłady tego rodzaju. W 1511 roku Waldseemüller stworzył wielką mapę Europy, a w 1513 roku wykonał nowe mapy do wielkiego strassburskiego wydania dzieł Ptolemeusza.

J. H. Parry tak scharakteryzował pracę Waldseemüllera: był on „ważną przejściową postacią w historii kartografii. Nie był oryginalnym naukowcem, ale encyklopedycznym i inteligentnym interpretatorem. Jego mapy, globus i Cosmographiae introductio tworzą imponujący zbiór starej i nowej geografii, który w pewnym stopniu antycypował równie popularne i jeszcze bardziej owocne dzieło Mercatora.” Waldseemüller był również przykładem typu intelektualnego, którego prace w XVI i XVII wieku przyczyniłyby się do popularyzacji znacznego zasobu wiedzy o świecie i człowieku, który musiał być rozpowszechniany, przyswajany i wykorzystywany przez coraz szersze kręgi społeczeństwa.