Klasyfikacja języków semickich pozostaje kwestią dyskusyjną. W ocenie pokrewieństwa jednego języka z drugim, informacje dostarczane przez wspólną innowację mają większą wagę niż te pochodzące ze wspólnego archaizmu. Określenie, czy dana cecha jest innowacją czy archaizmem, może być jednak problematyczne, ponieważ zależy od zrozumienia prekursora porównywanych języków. Proces ten może być stosunkowo prosty, gdy analiza dotyczy dobrze udokumentowanego języka prekursorskiego, ale staje się trudniejszy, gdy polega na rekonstrukcji protolingwisty – hipotetycznego przodka zestawu pokrewnych języków. Wiele aspektów języków protoplastów postuluje się na podstawie starannego porównania cech znanych języków potomnych, a więc mają one charakter raczej pochodny niż diagnostyczny.

W kwestii struktury uczeni w dużej mierze zgadzają się co do głównych skupisk: Akkadian; północno-zachodnia grupa semicka, obejmująca grupy kananejską i aramejską, wraz z ugarycką i amorycką; arabska; języki staroarabskie; współczesne języki południowoarabskie (nie wywodzące się z grupy staroarabskiej); i etiopska. Niektórzy uważają, że ugrupowanie południowosemickie składa się ze współczesnych języków południowoarabskich i etiopskich (a także, być może, z arabskiego i staroarabskiego). Pozycja Eblaite, który dzieli cechy zarówno z Akkadyjczykami, jak i północno-zachodnimi językami semickimi, pozostaje dyskusyjna.

Ten podział zapewnia ramy dla dyskusji na temat genetycznych relacji między językami semickimi. Akkadian wyraźnie oddzielił się od reszty języków dość wcześnie, tworząc wschodniosemicką gałąź odrębną od pozostałych języków zachodniosemickich. W obrębie języków zachodniosemickich jednym z krytycznych problemów jest pozycja języka arabskiego w stosunku do innych grup zachodniosemickich: podczas gdy struktura czasownika arabskiego pod wieloma względami odzwierciedla strukturę północno-zachodnich języków semickich, w systemie dźwiękowym i procesach słowotwórczych arabski wydaje się bliższy grupom etiopskiej i współczesnej południowoarabskiej. Wielu badaczy łączy arabski z północno-zachodnią grupą semicką, tworząc gałąź środkowosemicką; inni postrzegają arabski jako odrębną gałąź lub gałąź w obrębie grupy południowosemickiej. W przeciwieństwie do innych języków semickich, arabski, etiopski oraz staro- i nowożytne grupy południowoarabskie regularnie stosują „łamane” wzory rdzeniowe do tworzenia liczby mnogiej rzeczowników (patrz poniżej rzeczowniki i przymiotniki). Ponieważ jednak jest prawdopodobne, że, w takim czy innym stopniu, łamana liczba mnoga była już cechą charakterystyczną dla przodków języka semickiego, obecność takich struktur liczby mnogiej nie może być używana jako dowód na jakieś szczególnie bliskie powiązanie genetyczne między tymi czterema klastrami. Nieco silniejsze wsparcie dla odrębnej gałęzi południowosemickiej można dostrzec w takich cechach jak f, które rozwinęło się w języku arabskim, etiopskim i współczesnych językach południowoarabskich z wczesnosemickiego *p (symbol * oznacza informację pochodzącą raczej z rekonstrukcji językowej niż z bezpośredniego poświadczenia).

Forma przyjmowana przez obecny imperfektywny rdzeń czasownika w różnych językach stała się powszechnie używana jako cecha diagnostyczna w klasyfikacji języków semickich (patrz poniżej Fleksja słowna). Jeżeli, jak się powszechnie przyjmuje, forma fleksji werbalnej występująca zarówno w języku arabskim jak i północno-zachodnich językach semickich reprezentuje innowacyjny rozwój wspólny dla tych języków, to cecha ta dostarczy cennego wsparcia dla teorii pośredniej gałęzi środkowosemickiej.