Domeny są odrębnymi jednostkami funkcjonalnymi i/lub strukturalnymi w białku. Zazwyczaj są one odpowiedzialne za określoną funkcję lub interakcję, przyczyniając się do ogólnej roli białka. Domeny mogą występować w różnych kontekstach biologicznych, gdzie podobne domeny można znaleźć w białkach o różnych funkcjach.

Na przykład, domeny homologii Src 3 (SH3) są małymi domenami o około 50 resztach aminokwasowych, które są zaangażowane w interakcje białko-białko. Domeny SH3 mają charakterystyczną strukturę 3D (Rysunek 4). Występują one w wielu białkach o różnych funkcjach, w tym w białkach adaptorowych, 3-kinazach fosfatydyloinozytolu, fosfolipazach i miozynach.

Przykładem białka zawierającego wiele domen SH3 jest cytoplazmatyczne białko Nck. Nck należy do rodziny białek adaptorowych i jest zaangażowane w przekazywanie sygnałów od receptorowych kinaz tyrozynowych czynników wzrostu do odbiorców sygnałów downstream. Skład domenowy Nck został przedstawiony na Rysunku 5.

Jak właśnie widzieliśmy z Nck, białka mogą składać się z wielu domen. Często poszczególne domeny mają specyficzne funkcje, takie jak wiązanie określonej cząsteczki lub katalizowanie danej reakcji, a razem przyczyniają się do ogólnej roli białka (patrz, na przykład, skład domenowy enzymu fosfolipazy D1 na Rysunku 6 poniżej).

Białko zawiera domenę PX (phox), która jest zaangażowana w wiązanie fosfatydyloinozytolu, domenę PH (pleckstrin homology), która odgrywa rolę w kierowaniu enzymu do określonych miejsc w komórce, oraz dwie domeny PLD (phospholipase D) odpowiedzialne za aktywność katalityczną białka.

.