Miasto Houston ustabilizowało zewnętrzną część budynku, a członkowie Houston Aviation Alliance pracowali nad uratowaniem terminalu. W 1998 roku, Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), organizacja non-profit, została utworzona głównie w celu ratowania zagrożonego budynku terminala. HAHS uznało, że finansowanie i renowacja muszą być przeprowadzane etapami, i stworzyło plan renowacji budynku w czasie. Pod koniec 2003 roku wykonawcy HAHS zakończyli oczyszczanie północnego skrzydła terminalu z azbestu i ołowiu. The abatement process stripped the original plaster from the interior walls, leaving the non-loadbearing tile curtain walls of the terminal intact.

The North Wing of the Air Terminal was opened to the public in February 2004 as the first phase of the museum. W odrestaurowanym północnym skrzydle terminalu mieściły się zbiory muzealne i sklep z pamiątkami, które służyły jako baza operacyjna muzeum podczas zbierania funduszy i renowacji pozostałej części budynku.

Reszta budynku zakończyła usuwanie azbestu w maju 2008 roku i zakończyła rekonstrukcję atrium i antresoli w lutym 2009 roku. Cała dolna kondygnacja zostanie przywrócona do stanu pierwotnego, gdy pozwolą na to fundusze. Muzeum rozłoży się i zajmie całe pierwsze piętro budynku terminalu, a następnie rozpocznie renowację górnych pięter.

The American Institute of Aeronautics & Astronautics (AIAA) wyznaczył 1940 Air Terminal Museum a Historic Aerospace Site. Terminal lotniczy z 1940 roku jest 35. obiektem AIAA uznanym za rzadki przykład klasycznej architektury lotniskowej w stylu Art Deco. W lutym 2010 roku, Towarzystwo Dziedzictwa Aeronautycznego w Houston otrzymało nagrodę Good Brick Award za doskonałość w ochronie Muzeum Terminalu Lotniczego 1940. Nagrody Good Brick są przyznawane corocznie przez Greater Houston Preservation Alliance. W 2008 roku Houston Press uznało terminal za „Najlepszy kawałek historii lotnictwa”.

W 2008 roku HAHS otrzymało licencję na najstarszy hangar na terenie lotniska Hobby, Wielki Srebrny Hangar Obsługi Floty z 1929 roku. Organizacja wykorzysta ten hangar do wystawienia większych eksponatów z kolekcji, takich jak dwa symulatory, oraz kolekcji samolotów HAHS, która obejmuje Lockheed Lodestar Executive Businessliner z 1943 roku oraz śmigłowiec S-58 Sikorsky, który był przystosowany do cywilnego podnoszenia ciężkich ładunków.