Pod względem chorób, średniowiecze można uznać za początek dżumy z 542 roku, a koniec Czarnej Śmierci (dżuma) z 1348 roku. Do chorób o charakterze epidemicznym należały trąd, dżuma, ospa, gruźlica, świerzb, erysipelas, wąglik, trachoma, choroba pocenia się i mania tańca (patrz infekcja). Izolacja osób z chorobami zakaźnymi pojawiła się po raz pierwszy w odpowiedzi na rozprzestrzenianie się trądu. Choroba ta stała się poważnym problemem w średniowieczu, a zwłaszcza w 13 i 14 wieku.

Czarna Śmierć, epidemia dżumy, dotarła do portów śródziemnomorskich w południowej Europie w 1347 roku i w ciągu trzech lat ogarnęła całą Europę. Główną metodą walki z dżumą było odizolowanie znanych lub podejrzewanych przypadków, jak również osób, które miały z nimi kontakt. Okres izolacji początkowo wynosił około 14 dni i stopniowo był wydłużany do 40 dni. Pod wpływem Czarnej Śmierci, urzędnicy państwowi stworzyli system kontroli sanitarnej w celu zwalczania chorób zakaźnych, wykorzystując stacje obserwacyjne, szpitale izolacyjne i procedury dezynfekcji. Główne wysiłki na rzecz poprawy warunków sanitarnych obejmowały rozwój zaopatrzenia w czystą wodę, usuwanie śmieci i ścieków oraz kontrolę żywności. Wysiłki te były szczególnie ważne w miastach, gdzie ludzie żyli w zatłoczonych warunkach w sposób wiejski, z wieloma zwierzętami wokół swoich domów.

W średniowieczu poczyniono szereg pierwszych kroków w dziedzinie zdrowia publicznego: próby uporania się z niehigienicznymi warunkami panującymi w miastach oraz, za pomocą kwarantanny, ograniczenia rozprzestrzeniania się chorób; zakładanie szpitali; zapewnianie opieki medycznej i pomocy społecznej.

.