In 1964 tekende W39AA, een vertaler van WBGU-TV in Bowling Green, Ohio, op kanaal 39 in de lucht. Vóór 1974 was Fort Wayne het enige gebied in Indiana zonder toegang tot PBS-programma’s, zelfs niet via de kabel (het was gebruikelijk dat PBS programma’s aanbood aan commerciële stations in markten zonder stations die lid waren van PBS, maar er is nog geen bewijs gevonden dat de programma’s van het netwerk in Fort Wayne werden uitgezonden); het bereik van W39AA was over het algemeen beperkt tot het onmiddellijke gebied rond Fort Wayne, aangezien het niet krachtig genoeg was om de hele markt te bestrijken. Dit repeaterstation met laag vermogen was slechts een plaatsvervanger, aangezien kanaal 39 in Fort Wayne werd toegewezen als een volledig educatief kanaal met hoog vermogen. In het begin van de jaren 1980 werd het station een vertaler van Indianapolis PBS station WFYI.

Op 12 maart 1985 kreeg een lokale publieke televisie groep het kanaal 39 slot van de FCC, en gaf het station een licentie onder de WFWA roepletters; WFWA tekende in de lucht op 5 december 1986, waardoor Noordoost Indiana voor de allereerste keer een eigen PBS-station kreeg.

In 2003 werd WFWA het eerste televisiestation in Fort Wayne dat een digitaal signaal uitzond, oorspronkelijk met de nationale PBS HDTV feed op een apart subkanaal van de reguliere programmering; financieringsproblemen zouden later leiden tot het terugtrekken van de nationale HD feed, waardoor alle programmering in standaard definitie bleef voor een aantal jaren. Er werd aangekondigd dat WFWA’s hoofdkanaal 39.1 fulltime in high-definition zou uitzenden op een bepaald moment in de zomer van 2010. Tijdens een beloftepauze in de zomer van 2010 kondigde algemeen directeur Bruce Haines aan dat de verandering zou plaatsvinden op 4 juli 2010 om 19:30 uur. Dankzij de vooruitgang in videocompressie was het station in staat om zijn hoofdkanaal te upgraden naar HD zonder de videokwaliteit van zijn andere drie SD-subkanalen op te offeren.

In mei 2013 kondigde het station een fondsenwervingsactie aan om zijn infrastructuur in de komende drie jaar te upgraden, waaronder een signaalversterking, de aankoop van productieapparatuur op afstand en verbeteringen aan de master control van het station.