In 1988 verschenen Brennaman en Nuxhall voor National League President Bart Giamatti op het NL-kantoor in New York City in verband met beschuldigingen dat Brennaman de menigte had aangezet tot het veroorzaken van een spelvertraging na een woordenwisseling tussen Reds manager Pete Rose en umpire Dave Pallone. Nadat Rose uit het spel was gezet en Brennaman kritiek had geuit op Pallone tijdens de live radio-uitzending, strooiden de fans het veld vol met puin, hetgeen leidde tot een spelvertraging. Brennaman zei hierover het volgende:

“Ik blijf erbij dat we gelijk hadden”, zei Brennaman. “Ik zal me er nooit voor verontschuldigen. Ze beschuldigden ons van het aanzetten tot rellen. Ik denk niet dat we dat toen hebben gedaan en ik denk ook niet dat we dat nu hebben gedaan.”

Op 12 juni 2007 verontschuldigde Brennaman zich tijdens de uitzending van het Cincinnati Reds Radio Network voor een opmerking die hij onlangs had gemaakt over een aanstaande road trip waarbij hij een vergelijking maakte met de Dodenmars van Bataan. De Reds, die op dat moment het slechtste record in de National League hadden, moesten het tijdens de trip opnemen tegen de Oakland Athletics, de Seattle Mariners en Philadelphia Phillies.

Op 17 april 2008, tijdens de eerste helft van de achtste inning van een wedstrijd tussen de Chicago Cubs en de Cincinnati Reds op Wrigley Field in Chicago, maakte Brennaman opmerkingen over Cubs-fans en het Cubs-team. Dit gebeurde nadat de toenmalige Reds-speler Adam Dunn een homerun had geslagen. Cubs fans hebben de gewoonte om de bal van de tegenspeler terug op het veld te gooien. In dit geval lag het veld bezaaid met meerdere ballen die door fans op het veld werden gegooid, wat resulteerde in een wedstrijdvertraging omdat de veldploeg de brokstukken moest bergen. Brennamans verklaringen werden uitgezonden op het Reds Radio Network tijdens de wedstrijd.

“Dit is het soort dingen, eerlijk gezegd, op dit moment, waardoor je het Chicago Cubs team zou willen zien verliezen. Van alle honkbalfans, en ik kan niet instaan voor de Yankees of de Red Sox, want die zien we niet met enige regelmaat tenzij het inter-league play is, zijn verreweg de meest onaangename fans in het honkbal, in deze competitie, degenen die dit team hier volgen. 15 of 18 ballen op het veld gooien, daar is absoluut geen excuus voor, en dat is zo typisch voor Chicago Cubs fans. Het is ongelooflijk. “Je juicht gewoon tegen ze. Weet je, ik heb de hele winter gezegd dat ze het erover hadden dat dit team de divisie zou winnen, en mijn commentaar is dat ze die niet zullen winnen, want aan het eind van de dag zijn ze nog steeds de Chicago Cubs, en ze zullen een manier vinden om dit hele ding te verpesten.”

Op 18 april 2008 verscheen Brennaman in een interview op het Chicago sportradiostation WMVP-AM 1000 waarin hij zijn standpunt over Cubs-fans versterkte, en Chicago Cubs-fans vergeleek met rivaliserende St. Louis Cardinals-fans.

“Als ze niet kunnen begrijpen dat wat woensdagavond gebeurde volledig over de schreef ging, dan spijt me dat”, aldus Brennaman. “Ik zei hoe moeilijk het is om voor de Cubs te supporteren. Ik denk dat veel mensen hetzelfde voelen als ik, maar het niet onder woorden willen brengen. Ik ben niet bang om te zeggen wat ik denk.
Cardinals-fans zijn zonder twijfel de beste in honkbal. Ze hebben respect voor het spel. Ze gaan niet naar de wedstrijd om domme dingen te doen.”
“De Cubs hebben een aantal geweldige honkbalfans. Maar degenen die zich als idioten gedragen (verpesten) het voor mensen zoals ik.”

Op 5 februari 2010 werd Brennaman gegeseld omdat hij tijdens het honkbalbanket van de universiteit had gezegd dat de president van Marshall University “homo” moest zijn voor softbal. Brennaman verklaarde: “Ik had waarschijnlijk een betere woordkeuze kunnen maken, maar dat geeft op geen enkele manier mijn mening over homo’s weer. Het is gewoon een opmerking die ik maakte over de president van de universiteit.”