Duncan en Isadora Quagmire worden geïntroduceerd in The Austere Academy wanneer ze de Baudelaire-kinderen uitnodigen aan hun tafel in de schoolkantine na een onaangename ontmoeting met hun aanstaande aartsrivale Carmelita Spats. Ze zijn genoemd naar Isadora Duncan, een danseres die stierf toen haar lange, vloeiende sjaal verstrikt raakte in een autowiel, waardoor ze haar nek brak. Hun vaardigheden/interesses zijn snel vastgesteld: Isadora schrijft recreatief poëzie, gespecialiseerd in coupletten; Duncan is een aspirant-journalist die aantekeningen maakt over zijn omgeving. Elk drietal heeft een notitieboekje bij zich, waar ze ook gaan. Ze leggen uit dat hun ouders en broer Quigley in een grote brand zijn omgekomen en dat ze liever als drieling worden aangeduid; parallel aan de Baudelaires en het fortuin van Baudelaire erven ze de Quagmire Sapphires als ze meerderjarig zijn. Duncan en Isadora delen de klas met respectievelijk Violet en Klaus en er ontstaat een hechte vriendschap tussen de drieling en de Baudelaires. Wanneer Graaf Olaf verschijnt als Coach Genghis, besluiten de Quagmires zich ermee te bemoeien; ze onderzoeken Olafs misdaden uit het verleden in oude kranten in de schoolbibliotheek en sluipen naar buiten bij de concerten van Vice Principal Nero om hem en de Baudelaires te bespioneren. De laatste poging van de Quagmires om de Baudelaires te helpen (volgens Lemony Snicket onverstandig) houdt in dat de drieling zich vermomt als de Baudelaires en eindigt met Olaf die hen ontvoert wanneer hij de Prufrock Preparatory School ontvlucht met de hulp van de vrouwen met het witte gezicht, met de bedoeling om de Quagmire Sapphires te bemachtigen. Voordat ze worden meegenomen, schreeuwt Duncan de zin “VFD” naar Klaus, en zegt dat het iets afschuwelijks is dat hij en Isadora hebben ontdekt tijdens hun onderzoek naar Olafs geschiedenis.

In The Ersatz Elevator wordt de drieling ontdekt, opgesloten in een kooi op de bodem van een ongebruikte en schijnbaar nutteloze liftschacht op 667 Dark Avenue, het adres van de Baudelaire kinderen’s laatste voogden Jerome en Esmé Squalor. Er wordt gezegd dat ze er ‘spookachtig’ uitzien. Ze weten weinig over Olafs huidige plannen, maar ze kunnen wel onthullen dat hij van plan is hen de stad uit te smokkelen. De Baudelaires gaan terug naar hun huis in het penthouse om branders klaar te maken om de drieling uit hun kooi te bevrijden, maar vinden ze verdwenen als ze terugkeren naar de bodem van de schacht; de verwijdering van hun kooi onthult het ware doel van de schacht als een geheime tunnel. Aan het eind van het boek ontsnappen Olaf, Esmé en de Haak-Handige Man met succes met de Quagmires, die verborgen waren in een rode haring.

Duncan en Isadora maken hun laatste verschijning in The Vile Village (hoewel er in de rest van de serie nog regelmatig naar hen wordt verwezen). De dorpsbewaarder Hector, bij wie de Baudelaires wonen, geeft hen, als hij hoort over de Quagmires, een stukje papier waarop een couplet staat geschreven dat zij herkennen als Isadora’s poëtische stijl. Hector zegt dat hij het papiertje gevonden heeft onder aan de Nevermore Tree, waar de kraaien die het dorp bevolken elke nacht hun slaapplaats hebben. Naarmate het verhaal vordert, worden er meer coupletten onder aan de boom gevonden en de Baudelaires ontdekken al snel dat de coupletten, wanneer ze samengevoegd worden, onthullen waar de Drieling gevangen heeft gezeten in het dorp. Uiteindelijk bevrijden de Baudelaires hen en worden ze samen met de Baudelaires door de dorpsbewoners achtervolgd tot aan de rand van het dorp. Eenmaal daar verschijnt Hector in zijn zelfvoorzienende heteluchtballonmobiel. De Quagmire-drieling klimt veilig op het huis, maar de Baudelaires worden gedwarsboomd in hun poging hetzelfde te doen door Esmé Squalor, vermomd als agent Luciana, met een harpoengeweer. De drieling gooit hun schriften naar de Baudelaires en smeekt hen ze te lezen om het geheim van VFD te ontdekken, maar Esmé vernietigt ook de schriften met behulp van het geweer. Duncan en Isadora vliegen weg in het huis met Hector, veilig uit de klauwen van Olaf. Hun gefragmenteerde aantekeningen blijken de Baudelaires te helpen meer te weten te komen over de V.F.D., Olaf en hun eigen connecties met de organisatie.

Isadora en Duncan werden aangevallen door V.F.D.-arenden, die de ballonnen die hen ondersteunden uitschakelden, net toen ze Quigley tegenkwamen. Als gevolg daarvan werden ze naar beneden gestuurd, waarbij de Queequeg direct onder hen werd uitgeschakeld. Ze zijn meegenomen door The Great Unknown.