De penis is het mannelijke copulatoire orgaan en bestaat uit een wortel, een lichaam en een eikel (fig. 8-19). De crura van de penis wordt gevormd door twee corpora cavernosa en de bol, die de caudale uitbreiding van het corpus spongiosum is, vormt de wortel van de penis. De crura van de penis zitten vast aan de ischiatische boog en worden bedekt door de m. ischiocavernosus, terwijl de bulbus van de penis wordt bedekt door de m. bulbospongiosum (fig. 8-19). Het lichaam van de penis bevindt zich tussen de wortel en de eikel. Bij de muis heeft het lichaam van de penis een buiging, waardoor de eikel in niet erecte toestand caudaal gericht is. Tijdens de erectie is de richting van de eikel omgekeerd (fig. 8-19). Het lichaam van de penis bestaat uit een enkel corpus cavernosum en het corpus spongiosum, dat de urinebuis omgeeft. Het corpus cavernosum heeft twee groeven, een dorsale groef, waarin zich de bloedvaten van de penis bevinden, en een ventrale groef, waarin zich het corpus spongiosum bevindt (fig. 8-20). Zowel het corpus cavernosum als het corpus spongiosum worden gevormd door vasculaire holten omgeven door bindweefsel (fig. 8-20 en 8-26). De driedimensionale rangschikking van de collageenvezels in de trabeculae van het corpus cavernosum varieert naargelang van het onderzochte gebied en kan gemakkelijk worden waargenomen met gepolariseerd licht (fig. 8-20).