In termen van ziekte kunnen de Middeleeuwen worden beschouwd als beginnend met de pest van 542 en eindigend met de Zwarte Dood (builenpest) van 1348. Ziekten in epidemische omvang waren lepra, builenpest, pokken, tuberculose, schurft, erysipelas, anthrax, trachoom, zweetziekte en dansmanie (zie infectie). De isolatie van personen met besmettelijke ziekten ontstond voor het eerst als reactie op de verspreiding van lepra. Deze ziekte werd een ernstig probleem in de Middeleeuwen en met name in de 13e en 14e eeuw.

De Zwarte Dood, een uitbraak van de pest, bereikte in 1347 de Middellandse-Zeehavens van Zuid-Europa en trok in drie jaar tijd door heel Europa. De belangrijkste methode om de pest te bestrijden was het isoleren van bekende of verdachte gevallen en van personen die met hen in contact waren geweest. De periode van isolatie bedroeg aanvankelijk ongeveer 14 dagen en werd geleidelijk opgevoerd tot 40 dagen. Aangespoord door de Zwarte Dood creëerden overheidsfunctionarissen een systeem van sanitaire controle om besmettelijke ziekten te bestrijden, waarbij gebruik werd gemaakt van observatieposten, isolatieziekenhuizen en desinfectieprocedures. Belangrijke inspanningen om de sanitaire voorzieningen te verbeteren waren onder meer de ontwikkeling van zuiver water, vuilnis- en rioolwaterverwijdering en voedselinspectie. Deze inspanningen waren vooral belangrijk in de steden, waar de mensen op het platteland opeengepakt leefden met veel dieren rond hun huizen.

Tijdens de Middeleeuwen werden een aantal eerste stappen gezet op het gebied van de volksgezondheid: pogingen om de onhygiënische omstandigheden in de steden aan te pakken en door middel van quarantaine de verspreiding van ziekten te beperken; de oprichting van ziekenhuizen; en het verlenen van medische zorg en sociale bijstand.