Eind juli 1898 arriveerden 13.000 Amerikaanse vrijwilligers en 2.000 reguliere troepen om de Filippijnen van de Spanjaarden over te nemen in het kader van de Spaans-Amerikaanse Oorlog. Samen met het Filippijnse revolutionaire leger, dat ongeveer 13.000 man telde, namen zij het in Manilla op tegen 13.000 Spanjaarden. De Amerikanen en de Filippino’s deelden het gemeenschappelijke doel Spanje te verslaan, maar daarna wilden de Filippino’s onafhankelijkheid, terwijl de V.S. de Filippijnen als grondgebied wilden. De Spaanse gouverneur in Manilla besefte dat zijn situatie hopeloos was, maar wilde uit eergevoel en om een krijgsraad thuis te voorkomen toch op zijn minst symbolisch verzet plegen. Hij vreesde ook dat Filippijnse rebellen zijn troepen zouden afslachten. De Amerikanen wilden ook een bloedbad voorkomen en de rebellen de politieke legitimiteit ontzeggen die zij zouden krijgen door de stad in te nemen. Dus sloten ze een geheime deal: de Spanjaarden zouden minimale weerstand bieden als de Amerikanen beloofden de Filippino’s buiten te houden. Op 13 augustus, na een korte strijd waarbij 17 Amerikaanse soldaten omkwamen en 105 gewond raakten, bezetten Amerikaanse soldaten Manilla en sloten de Filippino’s buiten.

Onder de voorwaarden van het Verdrag van Parijs werden de Filippijnen een gebied van de Verenigde Staten, geen onafhankelijk land. De Senaat van de VS moest het verdrag nog ratificeren, maar de Filippino’s wachtten niet af wat er zou gebeuren. Zij stichtten een republiek met als hoofdstad Malolos en bereidden zich voor op verzet tegen elke poging van de V.S. om het verdrag te doen gelden. Terwijl soldaten aan beide zijden gespannen afwachtten, verslechterden de betrekkingen tussen de geallieerden en ontstonden er schermutselingen. Het was slechts een kwestie van tijd voordat het geweld zou losbarsten.

In de nacht van 4 februari 1899 wisselden Filippijnse en Amerikaanse patrouilles schoten uit in de buurt van een betwist dorp. De schoten verspreidden zich snel, en bij zonsopgang begonnen de Amerikanen met een aanval. Tot op de dag van vandaag weet niemand wie het eerste schot loste, maar de oorlog was begonnen.

In Washington bekrachtigde de Senaat op 6 februari ternauwernood het Verdrag van Parijs. Na de Filippijnen formeel van Spanje te hebben gekocht, verklaarden de Verenigde Staten dat hun nieuwe bezit in staat van opstand verkeerde.

Het Nationalistische Bevrijdingsleger van de Filippijnen beschikte over 40.000 manschappen plus lokale milities, maar het ontbrak hen aan opleiding, discipline en uitrusting. Ze hadden ook te lijden onder incompetent en onervaren leiderschap. De Amerikaanse troepen telden minder dan 20.000 man, waarvan de meesten staatsvrijwilligers waren die verwachtten naar huis te kunnen gaan nu de oorlog met Spanje was afgelopen. Desondanks vochten de vrijwilligers goed en eind februari hadden zij het Filippijnse leger uit Manilla verdreven door een opstand in de stad zelf neer te slaan. Eind maart hadden zij Malolos veroverd en de Filippijnse strijdkrachten een reeks zware nederlagen toegebracht.

De campagne vertraagde gedurende de zomer van 1899. De kleine Amerikaanse troepenmacht had moeite om ver van hun basis in Manilla te opereren. Ziekte en vermoeidheid verminderden sommige regimenten met 60 procent. Toen het moessonseizoen aanbrak, kwam het leger onder politieke druk te staan om de staatsvrijwilligers naar huis te sturen.

Het Congres gaf toestemming om een leger vrijwilligers in dienst van de Filippijnen te stellen. In tegenstelling tot de staatsvrijwilligers van 1898, werden deze eenheden georganiseerd door de federale regering. Tegen september 1899 arriveerden de nieuwe U.S. Volunteer regimenten, samen met extra eenheden van de reguliere strijdkrachten. Met het vertrek van de staatsvrijwilligers bleven de VS met een effectieve strijdmacht van iets minder dan 27.000 man over. De vrijwilligers zetten de aanval door, vernietigden een groot deel van het nationalistische leger en verspreidden de rest. De Nationalisten reageerden door over te schakelen op guerrillaoorlogvoering.

De verandering van tactiek werkte in hun voordeel. Het terrein, bestaande uit een labyrint van rijstvelden, bergen en oerwouden, slechts doorsneden door ruwe paden en een paar primitieve wegen, gaf de Filippijnse guerrilla’s talloze voordelen ten opzichte van de Amerikanen, die worstelden met de onbekende geografie en het harde klimaat.

De Nationalisten reorganiseerden zich in regionale commando’s, compleet met een “schaduw” regering, om een oorlog te voeren van hinderlagen, overvallen en verrassingsaanvallen, bedoeld om de Amerikanen uit balans te houden. Guerrilla’s vermomden zich als niet-strijders, mengden zich onder de burgerbevolking en gebruikten een combinatie van liefdadigheid en terreur om de steun van de plaatselijke bevolking te verzekeren. De nationalisten probeerden de Amerikaanse wil om te vechten uit te putten en eerder een politieke dan een militaire overwinning te behalen.

De VS verdeelden hun troepen ook, waarbij regionale commando’s de verantwoordelijkheid kregen voor het pacificeren van een bepaald gebied. De troepen bemandden honderden kleine posten in of bij steden die drie doelen dienden: de bevolking beschermen tegen intimidatie door de guerrilla’s, de bevolking beletten voedsel en rekruten te leveren aan de guerrilla’s en uitvalsbases bieden voor patrouilles van kleine eenheden en invallen in het oerwoud op zoek naar de vijand. Het verdelen van de troepen veroorzaakte bevoorradings-, morele, commando- en controleproblemen. Ziekte en vermoeidheid dreigden de doeltreffendheid van vele kleine garnizoenen te ondermijnen. Desondanks hield de strategie de guerrilla’s op de vlucht en verslapte hun vermogen om te vechten.

President McKinley beval de troepen om “het vertrouwen, respect en de bewondering van de inwoners van de Filippijnen te winnen”, dus werkten de Amerikaanse troepen ook aan het herstel van de burgermaatschappij door scholen en wegen te bouwen, markten op te knappen, de gezondheidszorg en sanitaire voorzieningen te verbeteren en amnestie te verlenen aan guerrilla’s. Zij herstelden de overheidsdiensten en droegen geleidelijk de politieke controle over aan de Filippino’s. Ondanks deze vooruitgang duurde de strijd nog een vol jaar. De nieuwe commandant, generaal Arthur MacArthur, stond toe dat meer gebruik werd gemaakt van gevangenneming, deportatie, executie en inbeslagneming en/of vernietiging van eigendommen om guerrilla’s te straffen.

Deze strengere maatregelen, samen met de voortdurende belofte van een rechtvaardige behandeling en een representatieve regering, braken uiteindelijk de rug van de verzetsbeweging. De laatste grote revolutionaire commandanten gaven zich in het voorjaar van 1902 over; en op 4 juli verklaarden de Verenigde Staten officieel dat de opstand voorbij was.

In zijn officiële rapport concludeerde minister van Oorlog Elihu Root: “het is duidelijk dat de opstand tot een einde is gebracht, enerzijds door een oorlog schrijnend en hopeloos te maken, anderzijds door vrede aantrekkelijk te maken.”

Uiteindelijk dienden tussen 1899 en 1902 meer dan 126.000 reguliere en vrijwillige soldaten op de Filippijnen. Van hen stierven er 1.000 in de strijd of aan verwondingen die ze in de strijd opliepen, nog eens 3.000 stierven aan ziektes en andere oorzaken, en nog eens bijna 3.000 raakten gewond.