De stad Houston heeft de buitenkant van het gebouw gestabiliseerd, en leden van de Houston Aviation Alliance hebben zich ingezet om de terminal te redden. In 1998 werd de Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), een non-profitorganisatie, opgericht, in de eerste plaats om het bedreigde terminalgebouw te redden. HAHS zag in dat de financiering en renovatie in fasen moest worden uitgevoerd en creëerde een plan om het gebouw in de loop der tijd te restaureren. Eind 2003 voltooiden de aannemers van HAHS de asbest- en loodsanering van de noordelijke vleugel van de terminal. Bij de sanering werd het oorspronkelijke pleisterwerk van de binnenmuren verwijderd, maar bleven de niet-dragende tegelgordijngevels van de terminal intact.

De noordvleugel van de luchtmachtterminal werd in februari 2004 voor het publiek geopend als de eerste fase van het museum. De gerestaureerde noordvleugel van de terminal bood onderdak aan de collectie en cadeauwinkel van het museum en diende als uitvalsbasis voor het museum terwijl de fondsenwerving en restauratie van de rest van het gebouw werd voltooid.

De rest van het gebouw voltooide de asbestsanering in mei 2008 en voltooide de herbouw van het atrium en de tussenverdieping in februari 2009. De volledige benedenverdieping zal in de oorspronkelijke staat worden hersteld zodra de financiële middelen dit toelaten. Het museum zal zich verspreiden en de volledige eerste verdieping van het terminalgebouw innemen en vervolgens beginnen met de renovatie van de bovenste verdiepingen.

Het American Institute of Aeronautics & Astronautics (AIAA) heeft het 1940 Air Terminal Museum aangewezen als een Historic Aerospace Site. De 1940 Air Terminal is de AIAA’s 35e lucht-en ruimtevaart site erkend als een zeldzaam voorbeeld van klassieke Art Deco luchthaven architectuur. In februari 2010 ontving de Houston Aeronautical Heritage Society een Good Brick Award voor uitmuntendheid in conservatie voor het 1940 Air Terminal Museum. Good Brick Awards worden jaarlijks uitgereikt door de Greater Houston Preservation Alliance. In 2008 riep de Houston Press de terminal uit tot “Best Piece of Aviation History”.

In 2008 kreeg de HAHS een licentie voor de oudste hangar op het terrein van Hobby Airport, een Great Silver Fleet Maintenance Hangar uit 1929. De organisatie zal deze hangar gebruiken om grotere stukken uit de collectie tentoon te stellen, zoals twee simulators, en de vliegtuigcollectie van het HAHS, waaronder een Lockheed Lodestar executive businessliner uit 1943 en een S-58 Sikorsky Helicopter die was uitgerust voor civiel zwaar transport.