De afstamming van nijlpaarden is enigszins een raadsel. Lange tijd dachten paleontologen dat deze semi-aquatische dieren, met hun ongewone morfologie (hoektanden en snijtanden met voortdurende groei, primitieve schedel en drielobbig gebitsslijtagepatroon), verwant waren aan de Suidae-familie, waartoe ook varkens en pekari’s behoren. Maar in de jaren 1990 en 2000 bleek uit DNA-vergelijkingen dat de naaste levende verwanten van het nijlpaard de walvisachtigen (walvissen, dolfijnen, enz.) waren, hetgeen niet strookte met de meeste paleontologische interpretaties. Bovendien belemmerde het gebrek aan fossielen de pogingen om de waarheid over de evolutie van nijlpaarden te achterhalen.

Nieuw paleontologisch werk van een groep Franse en Keniaanse onderzoekers heeft nu onthuld dat nijlpaarden niet verwant zijn aan suoïden maar in plaats daarvan afstammen van een andere, nu uitgestorven, groep. De bestudeerde nieuwe fossielen hebben het mogelijk gemaakt het eerste evolutionaire scenario op te stellen dat verenigbaar is met zowel genetische als paleontologische gegevens. Aan de hand van een analyse van een halve kaak en verschillende tanden die werden ontdekt in Lokone (in het stroomgebied van het Turkanameer, Kenia), heeft het Frans-Keniaanse team een nieuwe fossiele soort beschreven (behorend tot een nieuw genus (2)), die dateert van ongeveer 28 miljoen jaar geleden. Zij gaven het de naam Epirigenys lokonensis, naar het woord “Epiri” dat nijlpaard betekent in de Turkana-taal en naar de vindplaats Lokone.

Door de kenmerken van de fossiele tanden te vergelijken met die van herkauwers, suoïden, nijlpaarden en fossiele antracotheres (een uitgestorven familie van hoefdieren), reconstrueerden de wetenschappers de verwantschappen tussen deze groepen. Uit de resultaten blijkt dat Epirigenys een soort evolutionaire overgang vormt tussen het oudst bekende nijlpaard in het fossielenbestand (ongeveer 20 miljoen jaar geleden) en een anthracothere lijn. Deze positie in de levensboom is verenigbaar met de genetische gegevens, die bevestigen dat de walvisachtigen de naaste levende neven zijn van de nijlpaarden.

Dergelijke ontdekkingen kunnen wetenschappers misschien ooit in staat stellen een beeld te schetsen van de gemeenschappelijke voorouder van walvisachtigen en nijlpaarden. Analyse van Epirigenys (28 miljoen jaar oud) heeft de huidige nijlpaarden namelijk in verband gebracht met een stam antracotheres, waarvan de oudste ongeveer 40 miljoen jaar oud zijn. Tot nu toe was de vroegst bekende voorouder van de nijlpaarden echter ongeveer 20 miljoen jaar oud, terwijl de eerste fossielen van walvisachtigen 53 miljoen jaar oud zijn. Het tijdsverschil tussen de huidige nijlpaarden en de oudste walvisachtigen wordt daarmee volgens het huidige scenario met bijna 75% opgevuld.

Daarnaast laat deze ontdekking de hele geschiedenis van de Afrikaanse fauna in een nieuw licht zien. Afrika was een geïsoleerd continent van ongeveer 110 tot 18 miljoen jaar geleden. De meeste van de iconische Afrikaanse fauna (leeuwen, luipaarden, neushoorns, buffels, giraffen, zebra’s, enz.) zijn betrekkelijk recent op het continent aangekomen (zij zijn er minder dan 20 miljoen jaar geweest). Tot nu toe dacht men dat hetzelfde gold voor nijlpaarden, maar de ontdekking van Epirigenys toont aan dat hun anthracothere voorouders zo’n 35 miljoen jaar geleden van Azië naar Afrika zijn gemigreerd.