Im Jahr 1988 erschienen Brennaman und Nuxhall im NL-Büro in New York City vor dem Präsidenten der National League, Bart Giamatti, wegen des Vorwurfs, Brennaman habe nach einer Auseinandersetzung zwischen dem Reds-Manager Pete Rose und dem Schiedsrichter Dave Pallone die Zuschauer zu einer Spielverzögerung angestiftet. Nachdem Rose aus dem Spiel geworfen worden war und Brennaman Pallone während der Live-Radioübertragung kritisiert hatte, hatten Fans das Spielfeld mit Trümmern übersät, was zu einer Spielverzögerung führte. Brennaman äußerte sich wie folgt zu dem Vorfall:

„Ich behaupte immer noch, dass wir im Recht waren“, sagte Brennaman. „Ich werde mich niemals dafür entschuldigen. Man hat uns beschuldigt, einen Aufstand angezettelt zu haben.

Am 12. Juni 2007 entschuldigte sich Brennaman in der Radiosendung der Cincinnati Reds für eine Bemerkung, in der er einen bevorstehenden Road Trip mit dem Todesmarsch von Bataan verglichen hatte. Die Reds, die zu diesem Zeitpunkt die schlechteste Bilanz in der National League hatten, sollten auf der Reise gegen die Oakland Athletics, die Seattle Mariners und die Philadelphia Phillies antreten.

Am 17. April 2008, während des achten Innings eines Spiels zwischen den Chicago Cubs und den Cincinnati Reds im Wrigley Field in Chicago, machte Brennaman Bemerkungen über die Fans der Cubs und das Team der Cubs. Dies geschah, nachdem der damalige Reds-Spieler Adam Dunn einen Homerun geschlagen hatte. Bei den Cubs ist es üblich, dass die Fans den Ball des gegnerischen Spielers zurück auf das Spielfeld werfen. In diesem Fall war das Spielfeld mit mehreren Bällen übersät, die von Fans auf das Spielfeld geworfen worden waren, was zu einer Spielverzögerung führte, da die Mannschaft die Trümmer einsammeln musste. Brennamans Äußerungen wurden über das Reds Radio Network ausgestrahlt, das das Spiel übertrug.

„Das ist genau die Art von Dingen, bei denen man sich ehrlich gesagt wünscht, dass die Chicago Cubs verlieren. Unter allen Baseball-Fans, und ich kann das bei den Yankees oder den Red Sox nicht bestätigen, weil wir sie nicht mit einer gewissen Regelmäßigkeit sehen, es sei denn, es handelt sich um ein Spiel zwischen den Ligen, aber die bei weitem unausstehlichsten Fans im Baseball, in dieser Liga, sind diejenigen, die diesem Team hier folgen. 15 oder 18 Bälle auf das Feld zu werfen, dafür gibt es absolut keine Entschuldigung, und das ist so typisch für die Fans der Chicago Cubs. Es ist unglaublich.“
„Man feuert sie einfach an. Wissen Sie, ich habe den ganzen Winter über gesagt, dass dieses Team die Division gewinnen wird, und mein Kommentar ist, dass sie sie nicht gewinnen werden, weil sie am Ende des Tages immer noch die Chicago Cubs sind, und sie werden einen Weg finden, die ganze Sache zu vermasseln.“

Am 18. April 2008 erschien Brennaman in einem Interview auf dem Chicagoer Sportradiosender WMVP-AM 1000, in dem er seinen Standpunkt zu den Cubs-Fans bekräftigte und die Fans der Chicago Cubs mit denen der rivalisierenden St. Louis Cardinals verglich.

„Wenn sie nicht verstehen können, dass das, was Mittwochnacht passiert ist, völlig übertrieben war, dann tut es mir leid“, sagte Brennaman. „Ich habe gesagt, wie schwer es ist, für die Cubs zu jubeln. Ich glaube, dass viele Leute genauso empfinden wie ich, aber sie wollen es nicht aussprechen. Ich habe keine Angst zu sagen, was ich denke.“
“ Die Fans der Cardinals sind zweifellos die besten im Baseball. Sie respektieren das Spiel. Sie gehen nicht zum Spiel, um dummes Zeug zu machen.“
„Die Cubs haben einige großartige Baseball-Fans. Aber die, die sich wie Idioten benehmen, (ruinieren) es für Leute wie mich.“

Am 5. Februar 2010 wurde Brennaman für seine Bemerkung, dass der Präsident der Marshall University für Softball „schwul“ sein müsse, bei einem Baseball-Bankett und einer Spendenaktion der Universität gerügt. Brennaman erklärte: „Ich hätte mich wahrscheinlich besser ausdrücken können, aber das spiegelt in keiner Weise meine Meinung über Schwule wider. Es ist nur eine Bemerkung, die ich über den Präsidenten der Universität gemacht habe.“