Martin Waldseemüller wurde in Radolfzell am Bodensee geboren und im Jahr 1490 an der Universität Freiburg immatrikuliert. Vieles aus Waldseemüllers frühem Leben ist unklar. Er gehört zur Gruppe der humanistischen Gelehrten und Geographen, die am Hof von Herzog René II. von Lothringen wirkten und das deutsche Interesse an der Geographie im späteren 16. Die Nachricht von den Entdeckungen in der Neuen Welt verbreitete sich schnell im transalpinen Europa, und Elsass und Lothringen wurden bald zu wichtigen Zentren des Interesses und der Erforschung der Entdeckungen und ihrer Folgen.

Als Kopien der Briefe von Amerigo Vespucci am Hof eintrafen, weckten sie noch mehr Interesse an der Neuen Welt, und 1507 veröffentlichte Waldseemüller einen Band mit dem Titel Cosmographiae introductio, der eine Beschreibung der Neuen Welt sowie eine Übersetzung von Vespuccis Briefen enthielt. Auf der Suche nach einem Namen für die neuen Länder schlug Waldseemüller (der damals noch nichts von Christoph Kolumbus gehört hatte) vor, sie nach Vespucci Amerika zu nennen. Obwohl Waldseemüller später eine Änderung vorschlug, als er sich der Rolle von Kolumbus bei den Entdeckungen bewusst wurde, war sein ursprünglicher Vorschlag zu populär geworden. Amerika blieb die gängige Bezeichnung für die neuen Kontinente, und Waldseemüller behielt den Beinamen „der Pate Amerikas“.

Ebenfalls 1507 veröffentlichte Waldseemüller ein weiteres Werk, das einen immensen Einfluss auf die spätere Kartografie haben sollte, seine große Weltkarte. Diese auf 12 Blöcken gestochene Holzschnittkarte wurde zu einem der frühesten Beispiele für das humanistische Interesse an der Kartographie der Neuen Welt. Im selben Jahr konstruierte Waldseemüller auch einen Globus. Für die nächsten 30 Jahre waren dies die Standardwerke ihrer Art. Im Jahr 1511 fertigte Waldseemüller eine großformatige Europakarte an und erstellte 1513 neue Karten für die große Straßburger Ausgabe der Werke des Ptolemäus.

J. H. Parry charakterisierte Waldseemüllers Arbeit wie folgt: Er war „eine wichtige Übergangsfigur in der Geschichte der Kartographie. Er war kein originärer Wissenschaftler, sondern ein enzyklopädischer und intelligenter Interpret. Seine Karten, sein Globus und seine Cosmographiae introductio bilden ein eindrucksvolles Werk der alten und neuen Geographie, das in gewisser Weise das ebenso populäre und noch fruchtbarere Werk Mercators vorwegnimmt.“ Waldseemüller war auch ein Beispiel für einen intellektuellen Typus, dessen Arbeit im 16. und 17. Jahrhundert zur Popularisierung des beträchtlichen Wissens über die Welt und den Menschen beitragen sollte, das von einer immer größeren Öffentlichkeit verbreitet, aufgenommen und genutzt werden musste.