Alle Schriften Okens sind deduktive Darstellungen eines angenommenen Prinzips, das er mit anderen Philosophen der transzendentalen Schule für gleichwertig mit der Erklärung aller Geheimnisse der Natur hielt. Nach ihm war der Kopf eine Wiederholung des Rumpfes – eine Art zweiter Rumpf mit seinen Gliedmaßen und anderen Anhängseln; diese Summe seiner Beobachtungen und Vergleiche – von denen er nur wenige im Detail wiedergab – muss man sich immer vor Augen halten, wenn man den Anteil, den Oken an der homologischen Anatomie nahm, mit den Fortschritten vergleicht, die andere Vertreter dieses philosophischen Zweiges der Wissenschaft gemacht haben. Der Gedanke der Analogie zwischen dem Schädel oder Teilen des Schädels und der Wirbelsäule war schon vorher von Johann von Autenrieth (1772-1835) und Carl Kielmeyer (1765-1844) in ihren Vorlesungen und von Johann Frank (1745-1821) in seinen Schriften vertreten und ventiliert worden. Von Oken wurde er vor allem zur Veranschaulichung des mystischen Systems von Schelling verwendet – das „Alles-im-Ganzen“ und „Alles-im-Jedem-Teil“. Von den frühesten bis zu den spätesten Schriften Okens zu diesem Thema ist „der Kopf eine Wiederholung des ganzen Rumpfes mit all seinen Systemen: das Gehirn ist das Rückenmark; der Schädel ist die Wirbelsäule; der Mund ist der Darm und der Unterleib; die Nase ist die Lunge und der Brustkorb; die Kiefer sind die Gliedmaßen; und die Zähne sind die Krallen oder Nägel.“ Johann von Spix (1781-1826) illustrierte in seinem Folianten Cephalogenesis (1818) reichlich die vergleichende Kraniologie, präsentierte aber die Tatsachen unter demselben transzendentalen Gewand; und Georges Cuvier (1769-1832) nutzte die Extravaganzen dieser Schelling-Jünger, um die gesamte Untersuchung jener höheren Beziehungen der Teile zum Archetyp, die Sir Richard Owen (1804-1892) „allgemeine Homologien“ nannte, ins Lächerliche zu ziehen.“

Die Wirbeltheorie des Schädels war praktisch aus der anatomischen Wissenschaft verschwunden, als die Arbeiten von Cuvier sich ihrem Ende näherten. In Owens Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton wurde die Idee nicht nur wiederbelebt, sondern zum ersten Mal induktiv ausgearbeitet, und die Theorie wurde wie folgt richtig dargestellt: „Der Kopf ist kein virtuelles Äquivalent des Rumpfes, sondern nur ein Teil, d.h. bestimmte modifizierte Segmente, des ganzen Körpers. Die Kiefer sind die ‚Hämalbögen‘ der ersten beiden Segmente; sie sind keine Glieder des Kopfes“ (S. 176).

Vage und seltsam aber, wie Oken die Idee mit seiner apriorischen Vorstellung von der Natur des Kopfes vermengt hatte, scheint die Chance, sie sich anzueignen, das moralische Empfinden Goethes überwunden zu haben – es sei denn, der Dichter täuschte sich. Die vergleichende Osteologie hatte schon früh Goethes Aufmerksamkeit erregt. 1786 veröffentlichte er in Jena seinen Aufsatz Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, in dem er zeigte, dass der Zwischenkieferknochen sowohl beim Menschen als auch bei den Tieren existiert. Aber kein Wort in diesem Aufsatz gibt auch nur den geringsten Hinweis darauf, dass er damals die Idee der Wirbelanalogien des Schädels besessen hat. 1820 erklärte er in seiner Morphologie zum ersten Mal öffentlich, dass er dreißig Jahre vor dieser Veröffentlichung die geheime Beziehung zwischen den Wirbeln und den Knochen des Kopfes entdeckt hatte und dass er immer wieder über dieses Thema nachgedacht hatte. Die Umstände, unter denen der Dichter 1820 berichtet, dass er von der ursprünglichen Idee inspiriert wurde, ähneln verdächtig denen, die Oken 1807 beschrieb und die die gleiche Wirkung auf seinen Geist hatten. In beiden Fällen wird zufällig ein gebleichter Schädel entdeckt: bei Oken war es der eines Hirsches im Harz, bei Goethe der eines Schafes, das am Ufer des Lido in Venedig aufgegriffen wurde.

Es ist anzunehmen, dass Oken als Privatdozent in Göttingen im Jahre 1806 nichts von dieser unveröffentlichten Idee oder Entdeckung Goethes wusste, und dass Goethe die Idee der Wirbelverhältnisse des Schädels von Oken erst erfuhr, als er der Einführungsrede zuhörte, in der der junge Professor, von dem Dichter nach Jena eingeladen, eben diese Idee zum Thema wählte. Es ist unglaublich, dass Oken, hätte er die Idee von Goethe übernommen oder von einer Vorwegnahme durch ihn gewusst, es unterlassen hätte, die Quelle zu nennen – dass er nicht vielmehr eifrig eine so günstige Gelegenheit ergriffen hätte, der Originalität und dem Genie seines Gönners eine anmutige Huldigung zu erweisen.

Im Jahre 1832 wurde Oken zum auswärtigen Mitglied der Königlich Schwedischen Akademie der Wissenschaften gewählt.