Johnson soll mit dem Nachnamen Garrison in der Gegend der Hickory Tavern zwischen Pattenburg und Little York, nahe der Grenze der heutigen Gemeinden Alexandria und Union in Hunterdon County, New Jersey, geboren worden sein. Während des Mexikanisch-Amerikanischen Krieges diente er an Bord eines Kriegsschiffes, nachdem er sich unter Angabe eines falschen Alters gemeldet hatte. Nachdem er einen Offizier geschlagen hatte, desertierte er, änderte seinen Namen in John Johnston und reiste nach Westen, um sich als Goldgräber in Alder Gulch im Montana-Territorium zu versuchen. Er wurde auch Holzfäller und lieferte Schnittholz an Dampfschiffe. Er wurde als großer Mann beschrieben, mit einer Größe von etwa 1,88 m auf Strümpfen (siehe unten) und einem Gewicht von etwa 120 kg (260 Pfund) und fast ohne Körperfett.

Gerüchte, Legenden und Lagerfeuergeschichten über Johnson gibt es viele. Am bekanntesten ist wohl die Behauptung, dass seine Frau, die dem Indianerstamm der Flathead-Indianer angehörte, 1847 von einem jungen Crow-Krieger und seinen Mitjägern getötet wurde, was Johnson dazu veranlasste, einen Rachefeldzug gegen den Stamm zu starten. Dem Historiker Andrew Mehane Southerland zufolge „tötete und skalpierte er angeblich mehr als 300 Crow-Indianer und verschlang dann ihre Lebern“, um den Tod seiner Frau zu rächen, und „als sein Ruf und seine Skalpsammlung wuchsen, wurde Johnson zu einem gefürchteten Objekt“

Berichten zufolge schnitt er die Leber jedes getöteten Crow heraus und aß sie. Dies führte dazu, dass er als „leberfressender Johnson“ bekannt wurde. Der Verzehr der Leber war eine Beleidigung für die Crow, denn die Crow glaubten, dass die Leber lebenswichtig sei, wenn man ins Jenseits gehen wollte. Die Geschichte, wie er zu seinem Namen kam, wurde von einem damaligen Tagebuchschreiber aufgeschrieben. Es gab bereits zwei andere Johnsons mit den Spitznamen „Birnen liebender Johnson“ und „Langzehen-Johnson“.

Eine Geschichte, die Johnson zugeschrieben wird (während andere Quellen sie Boone Helm zuschreiben), besagt, dass er auf einem Streifzug von über 800 km mitten im Winter, um Whiskey an seine Flathead-Verwandten zu verkaufen, von einer Gruppe von Schwarzfuß-Kriegern überfallen wurde. Die Blackfoot-Krieger wollten ihn für einen stattlichen Preis an die Crow, seine Todfeinde, verkaufen. Er wurde bis zur Taille entkleidet, mit Lederriemen gefesselt und in ein Tipi mit nur einem sehr unerfahrenen Wächter gesteckt. Johnson gelang es, die Riemen zu durchtrennen. Dann schlug er den jungen Wächter mit einem Tritt nieder, nahm sein Messer, skalpierte ihn und schnitt ihm dann schnell ein Bein ab. Er flüchtete in die Wälder und überlebte, indem er das Bein des Schwarzfußes aß, bis er die Hütte von Del Gue, seinem Fallenstellerpartner, erreichte, eine Reise von etwa 320 km.

Schließlich schloss Johnson Frieden mit den Crow, die zu „seinen Brüdern“ wurden, und sein persönlicher Rachefeldzug gegen sie endete schließlich nach 25 Jahren und Dutzenden getöteter Crow-Krieger. Der Westen war jedoch immer noch ein sehr gewalttätiger und territorialer Ort, insbesondere während der Kriege der Plains-Indianer Mitte des 19. Viele weitere Indianer verschiedener Stämme, insbesondere, aber nicht nur, die Sioux und die Blackfoot, sollten den Zorn des Crow-Killers „Dapiek Absaroka“ und seiner Bergkameraden zu spüren bekommen.

Die von Johnson in den 1880er Jahren in Montana bewohnte Hütte, die in Red Lodge, Montana, steht und im Fremdenverkehrsbüro ausgestellt ist

Johnson trat 1864 als Gefreiter in die Kompanie H, 2. Colorado-Kavallerie, der Unionsarmee in St. Louis ein und wurde im folgenden Jahr ehrenhaft entlassen. In den 1880er Jahren wurde er zum Hilfssheriff in Coulson, Montana, und zum Stadtmarschall in Red Lodge, Montana, ernannt. Laut Regierungsunterlagen war er 1,82 m groß.

Zu seiner Zeit war er Seemann, Scout, Soldat, Goldsucher, Jäger, Trapper, Whiskeyhändler, Fremdenführer, Hilfssheriff, Wachtmeister und Blockhüttenbauer und nutzte jede Einkommensquelle, die er finden konnte.

Seinen letzten Wohnsitz hatte er in einem Veteranenheim in Santa Monica, Kalifornien. Er lebte dort genau einen Monat lang, bevor er am 21. Januar 1900 starb. Sein Leichnam wurde auf einem Veteranenfriedhof in Los Angeles beigesetzt. Nach einer sechsmonatigen Kampagne von 25 Schülern der siebten Klasse und ihrer Lehrerin wurden Johnsons sterbliche Überreste jedoch im Juni 1974 nach Cody, Wyoming, überführt.